В 1723 году Митрополитом Иоанникием в Коломне основана архиерейская школа «для детей священнических или прочих, в надежду священства определённых». Первые 30 семинаристов закончили 2-летнее обучение в школе в 1725 году, следущий выпуск Коломенской школы насчитывал уже 120 человек. До 1799 года в Коломенской духовной школе учился будущий митрополит Московский и Коломенский Филарет Дроздов, канонизированный в 1994 году Русской Православной Церковью.
В 1799 году Коломенская епархия упразднена, а семинария вместе с кафедрой епископа переведена в Тулу. В Коломне, присоединённой к Московской епархии, на базе семинарии по желанию местного духовенства, образовано двухгодичное духовное училище. Поступали в училище мальчики только из духовного сословия в возрасте 8-10 лет. В 1917 году, после Октябрьского переворота, Коломенское училище было закрыто. Пострадало большинство служителей Церкви. Среди новомученников и исповедников, питомцы Коломенского духовного училища.
В 1990 году по благословению митрополита Крутицкого Коломенского Ювеналия в Свято-Троицком Ново-Голутвине монастыре открылось Московское епархиальное духовное училище, преобразованное затем в Коломенскую духовную семинарию.
В 2007 году по инициативе Председателя Совета директоров ФК «УРАЛСИБ» Николая Цветкова и его семьи, с благословения митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия через семейный Фонд просвещения «МЕТА» начато строительство нового современного комплекса зданий Коломенской семинарии. 12 августа 2012 года совершён чин освящения семинарского храма в честь Трёх Святителей и нового комплекса зданий Коломенской семинарии. Общая площадь нового учебного, жилого и административного корпусов Коломенской семинарии составляет 9 тыс. кв. м.