Архангельский престол в Коломне имеет древнее происхождение, примерно, с середины XIV века. К XVI веку сложился комплекс из двух храмов, Чуда Архангела Михаила в Хонех и Собора Архистратига Михаила. К тому времени в стене деревянной крепости Коломны между Маринкиной и Грановитой башнями уже были проездные ворота, получившие именование Михайловских, а слободку, раскинувшуюся у подножия кремля напротив них, стали называть Михайловской, реже Архангельской. После Смутного времени храм пришел в запустение. В 1700 году «иждивением приходских людей» была построена каменная церковь Михаила Архангела с приделом Трёх Святителей. Сегодняшний каменный храм Михаила Архангела приобрел современный вид после перестройки частей предыдущего каменного храма. В 1806 году на средства коломенских купцов Романа, Авксентия и Якова Колесниковых была перестроена и увеличена трапезная, в которой устроены приделы в честь Казанской иконы Божией Матери и Трёх Святителей. В 1828–1833 годах те же купцы Колесниковы, вместе с братьями Вавилой и Василием Константиновыми, капитально перестроили церковь. В холодной части храма был освящён главный престол в честь Собора Архистратига Михаила и прочих Небесных Сил бесплотных, в трапезной престолы в честь Казанской иконы Божией Матери и Трёх Святителей, а также мучениц Веры, Надежды, Любови и матери их Софии. Самой старой частью церкви оставалась колокольня. В 1906 году на средства церковного старосты и благотворителя Иоанна Постникова в трапезной был устроен придел преподобного Серафима Саровского. Так, к началу ХХ века сложился комплекс пятипрестольного храма. Три престола, центральный, собора сил Архистратига Михаила и два боковых, Казанской иконы Божией Матери и Трёх святителей, находились в летнем храме. Еще два занимали теплую трапезную преподобного Серафима Саровского и мучениц Веры, Надежды, Любови и матери их Софии. Это был самый большой храм в Коломне и один из самых богатых. В 1930-е годы церковь была закрыта, разрушена колокольня. В здании размещался склад, потом контора. В 1936 году здание было передано Коломенскому краеведческому музею. В 2006 году администрация города приняла решение о переводе краеведческого музея в другое здание, а в следующем году храм Архистратига Михаила, после долгого времени поругания, был передан Церкви для восстановления и совершения богослужений. На средства Правительства Московской области в том же 2007 году, к празднованию Дня славянской письменности и культуры, были отреставрированы алтарная часть и четверик храма. За семь месяцев реставрационных работ заменена кровля, крыша алтаря и ротонды покрыты медью, сделаны заново и позолочены крест и купол, фасад оштукатурен, отреставрированы элементы белокаменных украшений, вставлены новые окна. Внутренняя реставрация храма осуществлялась на средства Московской епархии. За четыре месяца были разобраны внутренние перегородки, укреплены и заделаны трещины свода, отреставрированы белокаменные полы, стены оштукатурены, полностью заменена система отопления. В мае 2007 года в храме был установлен Палехский иконостас, который подарил храму Высокопреосвященнейший Ювеналий, митрополит Коломенский и Крутицкий. 28 мая, в день Святого Духа, в храме отслужена первая Божественная литургия. В 2008 году была полностью восстановлена храмовая колокольня. 21 ноября 2008 года храм Архангела Михаила, самый вместительный в Коломне, был торжественно освящён Великим освящением, которое совершил Высокопреосвященнейший Ювеналий, Митрополит Коломенский и Крутицкий.
