В описи города Мурома 1637 года среди построек Спасского монастыря впервые упоминается каменная церковь Кирилла Белозерского над северными святыми вратами. В 1797 году эта церковь была упразднена. 7 мая 1807 года приступили к строительству северной кирпичной ограды с новой надвратной церковью. Старая была разобрана. К середине XIX века из-за отсутствия средств строительство храма было прекращено.
В 1809 году архимандрит Спасского монастыря Вениамин подал на имя епископа Владимирского и Суздальского Ксенофонта прошение о разборке ветхой колокольни при Покровской церкви и о строительстве на святых вратах, перенесенных на западную сторону, «колокольни с церковию во имя преподобного отца нашего Ксенофонта и дружины его». К прошению прилагались «план с фасадом», отсутствующие ныне в деле. Осуществлен этот проект до конца не был. Строительство ограды и надвратной церкви велось долгое время, приостанавливаясь по причине отсутствия средств, низкого качества материала и т.п. Имеются упоминания о расходах 1817, 1819, 1821, 1822, 1848 годов. В описи 1846 года упоминаются четыре каменных монастырских здания, т.е. в том числе и недостроенная церковь колокольня, так и не получившая яруса звона. Не был устроен и храм над святыми вратами «за теснотою и за неимением в нем особенной надобности». В 1869 году в здании надвратной церкви был размещен архив Муромского духовного правления. К 1873 году в юго-западной части монастыря появилось еще несколько каменных зданий, в том числе пристроены с юга и востока к объему надвратной церкви помещение для привратника, конюха и рабочих. В 1881 году эти помещения были «перестроены наново», а в 1913 году покрыты железом. В 1889 году осуществлялся «ремонт кровель на св. вратах», в результате которого, видимо, памятник приобрел ныне существующее завершение. Длительное время, вплоть до 1995 года, комплекс Спасского монастыря находился в пользовании воинской части, вследствие чего монастырские здания и сооружения претерпели значительные утраты и переделки. Надвратная церковь использовалась как одно из помещений контрольно-пропускного пункта. Храм восстановлен и освящен 22 июня 2005 года. Объемно-планировочная cтруктура надвратной церкви восходит к традиционной схеме надвратной церкви-колокольни, к квадратному в плане столпообразному центральному объему над святыми вратами с севера и юга примыкают прямоугольные в плане «крылья» меньшей высоты, под одним из которых устроены проездные ворота, первый ярус южного крыла занимала лестница, ведущая на второй ярус, третий ярус, это ярус звона, предусмотренный проектом, не был построен, что наложило определенный отпечаток на существующий облик памятника. Ориентация церкви по сторонам света, остатки арки на северном фасаде разрушения на восточном фасаде, а также существующие аналоги позволяют предположить, что с востока к центральному объему примыкал значительный ризалит, второй ярус которого являлся апсидой церкви. Возможно, эта часть церкви или не была достроена, или обрушилась после возведения. Западная арка святых врат сочетает в себе явно разновременные элементы, некоторые из которых, возможно, были возведены ранее 1809 года, а затем включены в объем надвратной церкви. Архитектурное оформление западного фасада, руст, круглые окна второго яруса, профиль карнизов, позволяет отнести надвратную церковь к «классическому стилю». О какой бы то ни было стилистике прочих фасадов, сильно искаженных пристройками и переделками, говорить не приходится. Завершение памятника позднего происхождения и носит случайный характер, крест утрачен. Общее состояние памятника неудовлетворительное, близкое к аварийному, в стенах имеются трещины, свидетельствующие о неравномерности просадок грунта, наблюдается деструкция, выветривание кирпича, сильное разрушение кладки верхней части центрального объема из-за отсутствия карнизного свеса кровли. Перекрытия и крыши находятся в неудовлетворительном состоянии. Форма оконных и дверных проемов искажена поздними переделками. В 1992-1993 годах предприятием «Владимирреставрация» выполнен ряд научно-проектных работ по надвратной церкви Спасского монастыря, обмеры и натурное обследование памятника были выполнены в объеме, разрешенном пользователем, т.е. частично эскизный проект реставрации составлен на основании имевшихся к моменту проектирования данных, следовательно многие его позиции нуждаются в корректировке по данным дополнительных исследований и по условиям современного использования. Окончательные выводы по строительной истории памятника также возможны лишь после проведения масштабных археологических и натурных исследований в ходе производства работ. Ремонтно-реставрационные мероприятия, предлагаемые проектом, отражены в его графической части. Изображение недостроенных и утраченных элементов не является обоснованной графической реконструкцией, а призвано лишь продемонстрировать характер первоначального замысла. Воссоздание яруса звона даже при обнаружении проекта 1809 года признано нецелесообразным. В качестве консервационного мероприятия предлагается докладка центрального объема с устройством необходимого карниза. Характер завершения крыши, барабана, главы, центрального объема, оставлен прежним с некоторым повышением отметок, связанным с устройством карнизного навеса и с компенсацией осадки деревянных конструкций. Принимая во внимание специфику строительной истории объекта, а также репрезентативную роль и композиционное значение, присущие надвратной церкви в православном монастырском комплексе, автор проекта не отрицает возможности привлечения методов «стилистической реставрации» при устройстве вновь завершения центрального объема с целью создания эстетически полноценного образа сооружения.
