Трапезная церковь Покрова Богородицы построена в 1691 году на средства митрополита Варсанофия, из рода помещиков Чертковых, проживавших близ Мурома. Это уникальная по своей архитектуре двухэтажная церковь, единственная в Муроме. В трапезной, расположенной на втором этаже, коробовые своды с распалубками опираются на восьмигранный столб, смещенный с оси в северном направлении, что отражается и на западном фасаде, имеющем асимметричную композицию. Несмотря на то, что Покровская церковь из-за перестроек потеряла первоначальный облик, утратила некоторые архитектурные детали, она и сейчас вместе со Спасо-Преображенским собором и Настоятельским корпусом играет важную роль в ансамбле Спасского монастыря. Покровская церковь необычна еще и тем, что она одновременно является одним из основных хозяйственных корпусов монастыря. Так, из описи капитана Федора Сенявина, проведенной в 1763 году, известно, что «церковь каменная ж теплая Покрова Пресвятой Богородицы, в ней один престол, под оною церковью хлебня, поварня и кладовых три полатки». Своей интимностью и простотой Покровская церковь подчеркивает монументальность и строгость стоящего рядом собора. Покровская теплая трапезная церковь с трапезной на втором этаже имеет одностолпную палату. В отличие от других подобных зданий, выстроенных в Муроме, восьмигранный столб трапезной сдвинут с оси в северном направлении. Палата перекрыта коробовыми сводами с распалубками. Композиция западного фасада подчеркивает асимметричность плана.В 1757 году вблизи западного фасада Покровской церкви вместо древней колокольни при Спасо-Преображенском соборе выстроена новая. На обратной стороне 8 листа Вкладной книги Спасского монастыря XVI века подтверждается дата строительства Покровской церкви, «В нынешнем же в 1691 году августа в д. дана вкладная стольнику Василию Ивановичу Черткову, что впрошлом годеж вмуроме вспасове монастыре построил дядя ево родной блаженныя памяти преосвященный Варсонофий митрополит арский изадонский церковь божию каменную во имя покрова пресвятыя богородицы страпезою исподкеларнею испапертью сход каменной подтою церковью хлебня мукосейня хлебодарня поварня пекарня келья да втомже монастыре построены каменные палаты втех палатах пять житель теплин три сени сосоходы сход каменной другой сход вледник на верху тех палат чердаки деревянные а подтеми полати кладовая полата погреб да ледник а то церковное всякое вышеописанное строение стало 2150 р. да ризы изарабафтравчетой красной оплечья бархот черной золотной стихарь отлас зеленой оплечья золотное да книг устав треод цветная два ирмология цена ризам и книгам тритцать восемь рублев». Далее сообщается, что «да онже стольник Василей Иванович Чертков дал вспасов монастырь на церковное строение и на кресты три золотых».
По Вкладной книге можно также установить, что в 1701 году был проведен ремонт одной из глав церкви, за что плотникам заплачено три рубля. «И те деньги даны плотникам за работу делали вспасове монастыре на церкви божией главу». Можно также установить, что в 1757 году построена колокольня. На 21 листе сообщается, «1757 года майя дня вмуромской спасов монастырь построенная каменная колокольня Муромским купцом Павлом Петровым сыном Самариным». «В 1839 году к Преображенской церкви пристроена на 12 аршинах паперть», а «в 1849 году выстроены святые вороты. В 1850 году Покровская верхняя холодная церковь переделана на теплую». Отсюда видно также, что каменная ограда монастыря строилась с 1807 года по 1810 год. Так, например, «1807 года 7 мая началась строиться каменная ограда вокруг монастыря выкладено за одно лето 30 саж», «1807—1808 и 1810 годах выведено 2 стены с северной и западной сторон и святые ворота 10 октября». «В 1841 году в Преображенском соборе разделаны окна в новом виде».
