Преображенская церковь – самый первый храм, построенный в Горном Алтае в новейшее время. В этом смысле он может считаться правопреемником главного храма центрального миссионерского стана Всемилостивого Спаса, бывшего некогда в Улале.
Строительству храма предшествовали длительные переговоры общины и городских властей. Последние категорически не хотели выделять общине место непосредственно в городе, да еще и рядом со школой. Однако к 1988 году удается достичь согласия и, при активной помощи Бийского Свято-Успенского прихода между улицами Трудовой и им. А. Матросова, начинается строительство Преображенской церкви на участке, который завещала Церкви одна из прихожанок. 30 августа 1988 в Горно-Алтайск прибыл настоятель прихода, священник Ростислав Кирашук. Богослужения стали совершаться регулярно, вначале в молитвенном доме, а с 24 октября 1989 года – в храме.
Великое освящение Преображенской церкви совершил епископ Новосибирский и Барнаульский Тихон 18.08.1991 года.
В 1994 году была построена крестильная церковь Серафима Саровского, в 2008 – здание Воскресной школы. К двадцатилетию церкви Преображения господня было проведено обновление храма, благоустроена территория.
Кстати, у храма есть одна архитектурная особенность: он не точно ориентирован по оси восток – запад. Связано это с тем, что храм вписывался в постройки частного сектора в условиях ограниченности места. Более поздние хозяйственные постройки были возведены на месте выкупленной приходом соседней усадьбы.
