История Свято-Троицкого прихода началась в 1989 году. В этот год азовчане, посещавшие богослужения в Свято-Покровском храме села Кагальник, обратились в органы местной власти с просьбой открыть православный храм в городе.Разрешение было получено не сразу, для этого верующим пришлось ездить в Москву. Для организации молитвенного дома местные власти передали приходу небольшое здание, в котором был сделан ремонт силами самих прихожан. В скором времени в Свято-Троицком молитвенном доме стали регулярно совершаться богослужения. Но маленькое здание молитвенного дома не могло вместить всех прихожан, и тогда было принято решение о строительстве нового Свято-Троицкого храма.
18 августа 1989 года был выделен участок под его строительство. 2 февраля 1990 года уже был построен малый храм. И в этом же году начали подготовку к строительству большого храма. В 1991г. начал строится храм Святой Троицы. В 1994 году, несмотря на то, что строительство еще не было завершено, богослужения стали совершаться в новой Свято-Троицкой церкви.
В 2000 году было закончено строительство колокольни, на которой установили колокола, отлитые в Воронеже. В 2001 году стены храма обложили кирпичом, было проведено благоустройство подворья. Но самые главные работы проводились в 2004 году, когда была проведена реконструкция и капитальное переоборудование всего храма, крыша была покрыта листовой медью, установлен резной пятиярусный иконостас. Этот трудоёмкий процесс закончился успешно, и все трудности остались в прошлом.
В 2007 году была начата роспись храма. Работы ещё очень много, как в самом храме, так и в Просветительском центре, где будут классы, аудитории и мастерские. При храме действует лицензированная воскресная школа, окормляется Азовская женская колония № 18 (Уч398/18). Работает православный духовно-просветительский молодежный центр.
