По преданиям, здесь в реке Каменке, над которой сейчас стоит обитель, в 990 году князь Владимир Красное Солнышко крестил суздальцев. До XVII века монастырь был деревянный. В 1692 году началось строительство трёхглавого собора, которое по бедности монастыря продолжалось 7 лет. Задуман Васильевский собор был как трехглавый, о чем свидетельствуют сохранившиеся под кровлей основания еще двух барабанов. Но неизвестно, были ли воздвигнуты три главы, а потом две из них разрушены, или Васильевский собор пришлось изначально строить как одноглавый из-за нехватки денег.
В XIX веке к собору была пристроена трехъярусная, несколько приземистая колокольня, украшенная пилястрами и резными карнизами, соединенная с храмом небольшой трапезной. Рядом трапезный храм Сретения Владимирской иконы Божьей Матери, заметна редким для Суздаля 8-скатным покрытием кровли. Указ 1764 года, лишив монастырь водчин, оставил его без казенного содержания. В 1899 году обитель приписали к Ризоположенскому монастырю, обратив в женскую. Закрытый в 1923 году монастырь использовался для «народно-хозяйственных нужд», в 1950-х годах отреставрирован. 31 января 1995 года вновь зарегистрирована община мужского Васильевского монастыря. И после вывода складов, монахам пришлось строить новое жилье, т.к. келейный корпус и дом настоятеля по прежнему были заняты горожанами.
