В описи города Суздаля 1617 года сказано, «церковь съ трапезою клетцки Петра и Павла строение приходныхъ людей, а служитъ попъ Федоръ Лукинъ, дьяконъ Иванъ Федоровъ». Деревянные церкви существовали до 1719 года, а в этом году, во время бывшего в Суздале пожаре, сгорели, и, вместо них, первоначально была построена каменная церковь с престолом Святителя и Чудотворца Николая, в 1720 году. В 1771 году была построена теплая зимняя каменная церковь с престолом Рождества Христова, вместо прежней деревянной Петропавловской церкви. В XIX веке к церкви была пристроена паперть.
Трехчастная бесстолпная церковь сложена из кирпича и напоминает по форме жилой дом. К прямоугольному в плане основному объёму примыкают пятигранная апсида, трапезная и притвор. Трапезная и основной объём покрыты двухскатной металлической кровлей и увенчаны небольшой луковичной главкой на тонком резном барабане. Украшенные пилястрами стены храма побелены и завершаются зубчатым фризом и карнизным поясом. Оконные проёмы арочной формы обрамлены каменными наличниками, а притвор украшен декоративным фронтоном с фреской Рождество Христово.
20 декабря 2000 года был зарегистрирован Приход Свято-Никольского храма города Суздаля Владимирской Епархии Русской Православной Церкви.
