В 20-х годах 19-го века в Козельском уезде свирепствовала холера. И по преданию, до сего времени сохранившемуся у крестьян села Клыково, во время эпидемии Образ Спасителя из храма в соседней деревне Курыничи был принесен в Клыково. С крестным ходом Образ Спасителя обнесен был вокруг села, и холера, дотоле поглотившая немало жертв, постепенно стала ослабевать, а к 16 августа и совсем прекратилась.
В благодарность Спасителю Богу тогдашний владелец села Клыково гвардии поручик Александр Федорович Полторацкий на месте деревянной ветхой церкви в честь святителя Николая построил новый каменный храм. В 1829 году строительство завершилось, и по желанию Полторацкого храм был освящен в честь Господа Иисуса Христа, Нерукотворного Его Образа.
В 1924 году, после разорения Свято -Введенской Оптиной Пустыни, часть братии поселилась в селе Клыково. Центром духовной жизни этой общины стал местный храм в честь Спаса Нерукотворного. В этом храме с 1925 по 1935 годы служил Оптинский иеромонах Пантелеимон. О Пантелеимоне (в миру Платоне Григорьевиче Шибанове) известно немногое: был скитским монахом, в 1916 году был рукоположен в Оптинском скиту в иеродиакона, в иеромонаха же был рукоположен уже после революции.
В 1937 году храм в честь Нерукотворного Образа Господня был закрыт. Весной 1991 года храм села Клыково был возвращен Церкви. К тому времени здание находилось в весьма плачевном состоянии. От внутреннего убранства храма не осталось практически ничего. Разрушен был даже пол. Землей и сором занесло стены здания до окон. Начали рушиться перекрытия, а на останках крыши росли трава и деревья.
Архиепископ Климент Калужский и Боровский благословил устроить в селе Клыково Архиерейское подворье силами братии, пришедшей из Оптиной Пустыни и поселившейся здесь. 11 января 1993 г. при храме было образовано Архиерейское подворье, а 18 октября того же года настоятелем подворья был назначен игумен Петр (Барабан). При подворье начала формироваться монашеская община, а 17 июля 2001 г. было принято Постановление Священного Синода об открытии в селе Клыково мужского монастыря Спаса Нерукотворного Пустыни.
С передачей храма начались восстановительные работы. Храм Спаса Нерукотворного находился в полном запустении и разрухе. Храм, построенный Полторацким, был полностью восстановлен в 1999 году и 28 ноября того же года архиепископом Климентом был освящен его центральный придел.
