Там, где сегодня — село Клыково, по высокому берегу реки Серены в древности проходил путь, по которому ходили хазары, татары и князья. Здесь находилось и языческое городище, где проповедовал преподобный Кукша — выдающийся русский просветитель домонгольской поры. Примечательны и события, предшествующие строительству в Клыково храма в честь Hepyкотворного Образа Господня.
В семи верстах от села Клыково находится село Курыничи. В 1733 году стараниями господ Давыдовых, которые владели в те времена Курыничами, в селе была построена церковь. Но в марте 1826 года случился пожар — церковь сгорела. От сгоревшего в селе Курыничи деревянного храма сохранились: старинный Образ Спаса Нерукотворного и Евангелие, напечатанное при патриархе Андриане.
История появления этого старинного образа Спасителя в Курыничском храме малоизвестна. Существуют лишь предания, что он принесен в Курыничи одним из родичей курыничских помещиков Шульгиных.
В 20-х годах 19-го века в Козельском уезде свирепствовала холера. И по преданию, до сего времени сохранившемуся у крестьян села Клыково, во время эпидемии Образ Спасителя из Курыничей был принесен в Клыково. С крестным ходом Образ Спасителя обнесен был вокруг села, и холера, дотоле поглотившая немало жертв, постепенно стала ослабевать, а к 16 августа и совсем прекратилась. В благодарность Спасителю Богу тогдашний владелец села Клыково гвардии поручик Александр Федорович Полторацкий на месте деревянной ветхой церкви в честь святителя Николая построил новый каменный храм. В 1829 году строительство завершилось, и по желанию Полторацкого храм был освящен в честь Господа Иисуса Христа, Нерукотворного Его Образа.
С той поры до начала 20-го века, а значит, и периода гонения на церковь, история села Клыково складывается весьма благополучно. Клыково славилось плодовыми садами и питомником. Основателем питомника был Василий Петрович Златоустовский, родившийся в семье священника из села Бурнашево Козельского уезда. Окончив Калужскую духовную семинарию, Василий Златоустовский женился на помещице, в то время владевшей селом Клыково, благодаря чему и получил в свое распоряжение 7 десятин старого сада и 20 десятин пашни. Восстанавливая сад, Златоустовский превратил его в богатую помологическую коллекцию (1 500 сортовых деревьев). Одновременно он создал и плодовый питомник, который выпускал ежегодно до 40 тысяч саженцев яблони и других плодовых пород. Плоды из сортоиспытательного сада Златоустовского неоднократно выставлялись на губернских, российских и международных выставках, где были отмечены многими, в том числе и золотыми медалями.
С приходом советской власти на Русскую Православную Церковь начались гонения, которые были исключительными по своему размаху и жестокости не только в рамках истории России, но и в масштабе всемирной истории. Арестовывали и расстреливали тысячи священнослужителей и мирян. Закрывали храмы, грабили монастыри. Не оказалась исключением и Свято — Введенская Оптина Пустынь. После Пасхи 1923 года храмы Свято — Введенской Оптиной Пустыни были запечатаны, а многие священнослужители арестованы.
В 1924 году, после разорения Свято — Введенской Оптиной Пустыни, часть братии поселилась в селе Клыково. Центром духовной жизни этой общины стал местный храм в честь Спаса Нерукотворного. В этом храме с 1925 по 1935 годы служил Оптинский иеромонах Пантелеимон. О Пантелеимоне (в миру Платоне Григорьевиче Шибанове) известно немногое: был скитским монахом, в 1916 году был рукоположен в Оптинском скиту в иеродиакона, в иеромонаха же был рукоположен уже после революции. Так вспоминали о нем жители села Клыково: «Отец Пантелеимон собирал нас всех, детей, живущих недалеко от церкви и всегда причащал Святых Христовых Тайн, но в один из дней, не помним когда, он не вышел из храма к нам навстречу». В 1935 году иеромонах Пантелеимон был арестован и в 1937 году был обвинен в контрреволюционной деятельности и приговорен к расстрелу. Приговор был приведен в исполнение в Сухиничской тюрьме.
В 1937 году храм в честь Нерукотворного Образа Господня был закрыт.
Весной 1991 года храм села Клыково был возвращен Церкви. К тому времени здание находилось в весьма плачевном состоянии. От внутреннего убранства храма не осталось практически ничего. Разрушен был даже пол. Землей и сором занесло стены здания до окон. Начали рушиться перекрытия, а на останках крыши росли трава и деревья.
Архиепископ Климент Калужский и Боровский благословил устроить в селе Клыково Архиерейское подворье силами братии, пришедшей из Оптиной Пустыни и поселившейся здесь. 11 января 1993 г. при храме было образовано Архиерейское подворье, а 18 октября того же года настоятелем подворья был назначен игумен Петр (Барабан). При подворье начала формироваться монашеская община, а 17 июля 2001 г. было принято Постановление Священного Синода об открытии в селе Клыково мужского монастыря Спаса Нерукотворного Пустыни.
С передачей храма начались восстановительные работы. Храм Спаса Нерукотворного находился в полном запустении и разрухе. За годы советской власти местный колхоз сначала использовал здание храма как зернохранилище, а потом приспособил под мастерскую по ремонту техники. После разрушения крыши трапезной части храма в нем стали хранить азотные удобрения. Когда из храма вывозился наносной грунт, были найдены останки человеческих костей, имевшие повреждение от огнестрельного и холодного оружия.
Храм, построенный Полторацким, был полностью восстановлен в 1999 году и 28 ноября того же года архиепископом Климентом был освящен его центральный придел. В настоящее время монастырь действующий. В храмах обители богослужения совершаются каждый день. Возрастает число насельников обители. Совершенствуются формы социального служения.
