Предтеченская церковь в описи Суздаля 1617 года записана так, «за городомъ въ остроге у торгу на площади, церковь всемилостиваго Спаса нерукотвореннаго образа древяна вверх, церковь Усекновения главы Иоанна Предтечи клецкой, а в церквах образы и свечи и книги и всякое строение приходных людей, а у церкви служит поп Яков Якимов». Обе деревянные церкви существовали до конца XVII века и в конце этого века, попечением Митрополита Суздальского Иллариона, построена была каменная Предтеченская церковь. но эта церковь стояла недолго. В 1719 году, во время бывшего в Суздале пожара, она сгорела и разрушилась, целой и невредимой осталась одна южная стена. В 1720 году Предтеченская церковь вновь построена каменной. В ней один престол.
Построена почти одновременно с Никольской церковью в Кремле но, несмотря на одинаковую трёхчастно-осевую композицию, заметно отличается от своей ровесницы лаконичностью декора. Лопатки на углах основного объёма-четверика имитируют обшитые тёсом концы брёвен сруба, напоминая о рубленых храмах XVII века. Лишённые карнизов фасады украшены лишь оконными наличниками и небольшим порталом. Четырёхскатная крыша церкви увенчана небольшой луковичной главкой на тонком барабане, а над порталом возведена невысокая шатровая колокольня с оконцами-слухами. Четверик колокольни поставлен вровень с мощным четвериком основного объёма, форма которого скрадывает массивность колокольни.
В Предтеченской церкви под южной стеной погребен Трофим юродивый, местно чтимый, Суздальский уроженец, живший в царствование Иоанна Грозного. О нём Анания Федоров передает следующее, «Приходская церковь святаго Иоанна Предтечи каменная, которая по бывшем пожаре 1719 года повредилась, и в 1720 году три стены церковных, восточная, западная и полунощная падеся, а полуденная во удивление цела осталась, понеже под той полуденной стеною имеется гробъ под спудом блаженнаго Трофима Христа ради юродиваго, который бысть в царство благочестивейшаго Великаго Государя и Великаго Князя Иоанна Васильевича, Самодержца Всероссийскаго, проходя во граде Суждале юродственное житие, и в оной Предтеченской церкви и образъ его в печуре имелся написанный на дске, и не токмо в той церкви, но и в церкви Воскресения Христова что за рядами, на образе Пресвятыя Богородицы честнаго Ея явления Казанския, во святом алтаре за жертвенником, на другой стороне того образа, и пред левым крылосом в иконостасе на местном между Суздальскими святыми и оный блаженный Трофим написал, а когда и от кого той блаженный Трофим на святых иконах писати начася, неизвестно и в помянутой церкви у гроба того блаженнаго Трофима ни панихид, ни молебнов не отправляются, и в церковных молитвах не воспоминают, а прежде сего воспоминали».
9 декабря 1884 года город Суздаль отмечал пятидесятилетие священства Леонида Афанасиевича Федоровского, священника Предтеченской церкви.
В конце XIX века церковь имела землю в количестве 425 кв. сажень. Причт при церкви: священник и псаломщик. Годовой доход причта 325 руб. Приход 23 двора, душ мужского пола 60, а женского пола 62 души.
В Суздале в мае 2016 года приступили к реставрации надглавного креста с церкви Иоанна Предтечи. Восстановительные работы стали возможны благодаря совместному проекту депутата Госдумы Григория Аникеева и Суздальского филиала Санкт-Петербургского государственного института культуры, ранее известного как реставрационное училище. Эта объединенная деятельность продолжает и развивает проект депутата «Туристическая инициатива». В реставрационное училище поступил редкий памятник, надглавный крест с Суздальской церкви Усекновения главы Иоанна Предтечи. Специалисты оценили состояние архитектурной ценности начала XVIII века как неудовлетворительное, крест был сильно загрязнен, покрыт коррозией, подвергся деформации и утратил часть своих декоративных элементов. Над реставрацией и реконструкцией трудились студенты четвертого выпускного и второго курсов. После чего крест вновь занял своё место на куполе церкви.
