В 1777 году построена и освящена теплая каменная церковь Входа Господня во Иерусалим, сохранившаяся до наших дней. Она имела два придела, в честь первомученика архидиакона Стефана и пяти мучеников, Евстратия, Авксентия, Евгения, Мардария и Ореста.
В 1928 году, во время первой волны закрытия арзамасских церквей, оба храма предполагалось сохранить один для школы, другой в качестве общежития для школьников. Но вскоре последовало другое решение. В 1930 году в здании теплой церкви разместился окружной статистический отдел и кооперативная школа. К концу того же года школу выселили в Выездное, а в нем разместили электростанцию для освещения нижней части города. Затем устроили гараж, перенесенный из Богословского храма. В последнем некоторое время функционировал мясокомбинат. В 2004 году возвращена верующим, малое освящение совершено 2 января 2013 года.
Дата разрушения Богословской церкви точно неизвестна, вероятно, случилось это до Великой Отечественной войны. Второй храм возродился в начале XXI века и является украшением холма над пригородной автостанцией.
На переднем фасаде храма 28 сентября 2014 года установлена мемориальная доска в честь уроженки города Арзамаса блаженной Пелагии Дивеевской, которая молилась в этом храме.
