Данная церковь находится на месте древнего Троицкого мужского особного монастыря, известного еще с 1626 года. Главный монастырский храм был посвящен Живоначальной Троице и имел придел в честь преподобного Александра Свирского. В народе он именовался «Черной Троицей» для отличия от стоявшей неподалеку одноименной приходской церкви и называвшейся «Белой Троицей».
После указа Екатерины Великой об учреждении монастырских штатов монастырь был закрыт, а его церкви обращены в приходские. К этому времени Троицкий храм сильно обветшал, так что в нем почти невозможно было служить. Священник его, Пантелеимон Иванов вместе с прихожанами просил церковные власти позволить им построить новую каменную церковь. 28 марта 1766 года разрешение было получено. Новый храм строился долго, около 15 лет. Освящение главного престола совершилось в 1777 году. В 1833 году храм был переименован в Свято-Духовской для отличия от соседней Троицкой церкви, «Белой Троицы». Приход церкви всегда был бедным, даже несколько раз приписывался к другим. Главная его улица Голодаевка, сейчас это Пролетарская, вполне объясняет причину этого.
Через несколько лет после революции, 8 мая 1929 года, церковь в числе первых в городе была закрыта и передана под типографию Промкомбината. Колокольню сломали наполовину, купол снесли, само здание изменили пристройками. В 1995 году типографию перенесли в новое здание, а церковь передали общине верующих «Кипарис». Обезображенный храм требовал капитального ремонта. Первое богослужение совершилось уже 17 декабря 1995 года на праздник великомученицы Варвары. Много труда, сил и энергии понадобилось настоятелю храма, молодому священнику, выпускнику Московской духовной семинарии Сергию Жулину, чтобы восстановить благолепие Дома Божия.
Несмотря на сложные условия для проведения богослужения, Духовская церковь стала одной из любимых в городе. При общине верующих была открыта Воскресная школа для детей, проводились катехизаторские курсы.
