Богоявленская церковь представляет довольно большое здание в два этажа. Как указывают исторические данные, это уже пятый храм того же имени на одном и том же месте. Первый деревянный был построен иереем Феофилактом, имел придел святого Георгия Победоносца и сгорел в 1650 году, второй деревянный, построенный его супругой и сыновьями, сгорел в 1726 году, третий деревянный без приделов построен в 1740 году и разобран в 1770 году, четвертый каменный трехпрестольный построен а в 1776 году, пятый воздвигнут при игумении Евсевии в 1811 году и освящен в 1813-м году. И он существует до сих пор. Тогда же в нём были устроены приделы, правый во имя Боголюбской иконы Божией Матери и левый Всех Святых, внизу больничная церковь в честь иконы Божией Матери «Всех Скорбящих Радость». Прямоугольная в плане трёхнефная постройка построена в стиле классицизма с небольшим куполом над трансептом.
В 1913 году монастырь был вполне благоустроен. Здания его и постройки были покрашены и чисто выбелены, аккуратные дорожки и клумбы с цветами радовали глаз. Внутреннее пространство храмов со старинными резными иконостасами и многочисленными иконами, ценными церковными вещами были плодами трудов монахинь, число которых достигло 325 человек. В монастырской иконописной мастерской сестры шили церковные облачения, искусно украшая их золотой вышивкой. Пластика архитектурных форм его зданий, ярко-синие главки храмов с золочеными звездами и крестами восхищали гостей города и были гордостью арзамасцев». Словом, церковь является одним из зданий, формирующих облик Соборной площади Арзамаса.
Мирное течение монастырской жизни было нарушено Октябрьским переворотом 1917 года. В 1918 году в Арзамас вошли части Красной армии. В Свято-Николаевском монастыре были размещены солдаты. Трудовую артель сестер разогнали, монастырь закрыли в 1928 году. Часть зданий использовали под разные нужды. Храмы постепенно ветшали и разрушались. Богоявленский храм передали Госбанку, позже здание использовали под магазин. Монастырь возвращён верующим в 1994 году, спустя короткое время на Богоявленской церкви был восстановлен купол. В том же году был освящён верхний зимний придел в честь Богоявления Господня.
Богоявленский храм сегодня — основное место для проведения богослужений. Он теплый и уютный, с сохранившимися старыми иконами, в нем пребывают частицы мощей великих святых, иконы блаженной Матроны Московской и святой мученицы Татианы с частицами мощей.
В Богоявленской церкви внизу размещался больничный храм в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость, с грошиками». Это название храм сохранил и поныне. Сейчас в этом храме находятся две святыни монастыря иконы Божией Матери «Избавление от бед страждущих» и «Достойно есть» Рубленая. Здесь хранится дореволюционная плащаница, шитая серебряной нитью.