Этот дом строили для семьи томского губернатора Германа Августовича Тобизена, но первым его жильцом, пусть и всего на пару дней, стал цесаревич Николай. Семьи сменяющих друг друга губернаторов прожили здесь меньше четверти века. Затем на несколько революционных лет дом стал символом свободы и штабом большевиков. Но дольше всех по адресу ул. Советская, 45 просуществовал Дом ученых, который сегодня стал небольшим городом в городе со своим театром, конференц-залом, советом и библиотекой.
Томская губерния с самого начала своего образования испытывала недостаток в толковых администраторах. Все без исключения томские губернаторы были приезжими. Они перебирались из Санкт-Петербурга или Москвы в наш город по приказу и надолго не задерживались.
Казна обеспечивала градоначальников съемным жильем с 1804 до 1889 года. Только к концу двадцатого века было принято решение выстроить муниципальный губернаторский дом — современный Дом ученых. До этого времени государство арендовало у золотопромышленников Королевых особняк в доме №14 по улице Набережная реки Ушайки. Он находился недалеко от правления, с балкона дома открывался вид на обе реки и затомские луга и леса. В этом доме бывал Г.С. Батеньков и исследователь Арктики барон Врангель.
Первым губернатором, для семьи которого в Томске был специально построен дом, стал Герман Августович Тобизен. Причин для этого было несколько. В 1842 году губернское управление переехало в новое здание на площади Ново-Соборной (современный Сибирский физико-технический институт). Развитие университетов и постройка нового, самого большого в Томске, кафедрального собора в этом районе сместили культурный и деловой центр города в этот квартал.
Начало губернаторства Тобизена совпало с посещением Томска Великим князем, ставшим вскоре российским императором Николаем II. Герман Тобизен руководил всеми приготовлениями к визиту высокого гостя. На въезде город по Иркутскому тракту был построен специальный павильон, в котором Великого князя приветствовали руководители губернии и города. Полы и лестницы в павильоне покрыли красным сукном и коврами, внутри расставили мягкую мебель. С раннего утра у павильона собиралась публика, представители местного городского и общественного управления. Возглавлял собравшихся городской голова П.В.Михайлов, почетный потомственный гражданин.
В срочном порядке к приезду Николая II достраивали и дом губернатора, в котором и поселили наследника престола. Решение о возведении дома приняли еще 1887 году.
Проект заказали у архитекторов В.В. Хабарова и П.П. Нарановича. Виктор Васильевич Хабаров приехал в Томск из Петербурга и к этому времени дослужился уже до должности губернского архитектора. За постройку, в соавторстве с П. П. Нарановичем, губернаторского дома Хабаров получил из рук наследника престола цесаревича Николая золотой перстень. Его коллега, Павел Петрович Наранович прибыл в Томск для работы над зданием первого Сибирского университета. Им выполнены проекты интерьеров университетских залов, церкви, аудиторий и установка фонтана перед главным фасадом Университета. В 1885 году одновременно занял должности архитектора Университета и архитектора Западно-Сибирского учебного округа.
Не смотря на то, что над проектом дома губернатора работали сразу два именитых архитектора, строительство затянулось, но приезд цесаревича подстегнул его. Казна и городская дума выделили дополнительные средства на спешные работы «по приспособлению дома губернатора для высокого гостя». Тогда и был пристроен к дому балкончик с крышей-зонтиком на случай, если цесаревич захочет показаться народу. К приезду гостя были отделаны и обставлены все двадцать комнат. Двадцати трех летний наследник Цесаревич Николай Александрович заехал в Томск после своего путешествия на Восток. Он прибыл в город 5 июля 1891 года. Губернатор Г.А.Тобизен выехал заранее и встретил Николая на границе Томской губернии. Два дня будущий император потратил на встречи с томским духовенством, офицерством и чиновниками. Николай и его сопровождающие остановились в доме губернатора. Вечером следующего дня цесаревич покинул город. Тобизен сопровождал наследника престола вниз по Томи и Оби на пароходе «Николай» до границ Томской губернии.
В во времена Великой октябрьской революции дом губернатора был переименован в Дом Свободы. Большевики сбросили с фасада герб с двуглавым орлом и выставили из особняка последнего царского наместника Дудинского. В доме разместились революционные организации. Здесь часто проходили собрания большевистской фракции томского отделения РСДРП, собрания студентов. Здесь же базировался Совет рабочих и солдатских депутатов. После организации отряда Красной гвардии в Томске, Дом свободы превратился в ее штаб. Во время мятежа белогвардейцы пытались захватить именно этот дом. Но им это ни разу не удалось.
В Доме Свободы располагалась редакция газеты «Красное знамя». Первый номер газеты вышел под руководством старейшего члена коммунистической партии В.Д. Вергмана 1 июня 1917 года.
После успешного восстания красноармейцев против Колчака в ночь с 16 на 17 декабря 1919 года на здание Дома Свобода большевики водрузили красное знамя. В доме после этого разместился военно-революционный совет. Именно в этом доме вступали в союз молодежи первые его члены. С 1920 года по 1925 в здании находился президиум Томского губисполкома, а потом президиум исполкома. В конце 1920-ых годов дом был отдан ученым. В годы Великой Отечественной войны здесь находился штаб мобилизации науки и техники в помощь фронту.
Томский Дом ученых стал третьим учреждением такого рода в России (после Москвы и Петрограда). Основателем как такового Дома ученых и первым его настоящим директором был Николай Сигизмундович Пойзнер. Помогала ему актриса Ольга Павловна Боярская. Ольга Павловна закончила Томское музыкальное училище и была солисткой Томской филармонии.
Томский Дом ученых стал третьим учреждением такого рода в России (после Москвы и Петрограда). Основателем как такового Дома ученых и первым его настоящим директором был Николай Сигизмундович Пойзнер. Помогала ему актриса Ольга Павловна Боярская. Ольга Павловна закончила Томское музыкальное училище и была солисткой Томской филармонии.
С 1995 года является структурным подразделением Томского государственного университета систем управления и радиоэлектроники (ТУСУР). В июле 2005 — апреле 2006 года при поддержке Администрации Томской области и ТУСУРа в Доме ученых был проведен капитальный ремонт.
