Традиционно считается, что он был основан практически одновременно с Нижним Новгородом, а уже в 1229 году разорён мордовским князем Пургасом. В исследованиях упоминается, что существование Благовещенского монастыря фиксируется Лаврентьевской летописью в 1229 году и что это первое достоверное упоминание обители в письменных источниках.
Версия о том, что монастырь был основан при закладке Нижнего Новгорода великим Владимиро-Суздальским князем Юрием Всеволодовичем и святителем Симоном, епископом Владимирским, в 1221 году восходит к XIX веку. Согласно летописным данным, при Юрии Всеволодовиче был основан монастырь Пресвятой Богородицы около Нижнего Новгорода. Церковный историк архимандрит Макарий предположил, что это был нижегородский Благовещенский монастырь. С тех пор данное мнение широко распространилось, хотя не имеет под собой никаких достоверных данных.
Историк А. А. Кузнецов указывает, что отождествление Богородичного монастыря с Благовещенским не имеет под собой никакой научной базы. Схожая черта одна — в названиях первой обители XIII века и второй обители, который упоминается только со второй половины XIV века. По его мнению, отождествление Богородичного монастыря 1221 года с монастырём Благовещения Богородицы основано лишь на совпадении имени Богородицы.
В действительности, Богородичная обитель, кроме Благовещения, могла быть связана с множеством нижегородских монастырей, Успения, Похвалы, Рождества, Покрова или Введения во храм Богородицы. Автор также отмечал, что путаница в историографии возникла ещё в XIX, когда нижегородский краевед Н. И. Храмцовский писал, «Господин Строев в ключе своём к Истории государства Российского, полагает, что Благовещенский монастырь есть тот Богородицкий, который разорил Пургас в 1229 году, что подтверждают и местные предания». Авторитет Строева, сподвижника Н. М. Карамзина, был крайне высок для местных краеведов, что, по мнению А. А. Кузнецова, повлияло на создание истории Благовещенского монастыря с 1229 по 1357 год, когда его якобы восстановил митрополит Алексий.
Расположение монастыря предполагало две функции, оборонительную и миссионерскую. Уже в XIV веке монастыри Нижегородско-Суздальского княжества стали всё активнее включаться в процесс заселения и окультуривания осваиваемых земель. Значительная часть последних была пустынной, разрабатывалась трудом монахов, послушников и крестьян, приписанных к обителям. С конца XIV века Благовещенский монастырь стал активно прирастать промыслами.
В 1393 году великий нижегородский князь Борис Константинович жаловал Благовещенскому монастырю из личного удела промыслы, рыбные ловли и бобровые гоны по реке Суре, озёра Пашково, Соларево, Плоское, Сосновское, Долгое, Мячткое и все озёра от речки Курмышки вниз по левому берегу Суры, до Волги. В 1399 году нижегородский боярин Савва Сюзев завещал обители вотчинную пустошь селище Спасское в Курмышском уезде с бортными угодьями.
По данной грамоте Митрофана Изинского от 1416—1417 годов Благовещенскому монастырю отходила пустошь на Платинском враге с бортными угодьями. По жалованной грамоте великого князя Василия Васильевича от 4 марта 1438 года — опустевшие село Еленское и деревня Заборская. По жалованной грамоте великого князя Даниила Борисовича от 1442 года — село Мигино. В 1554 году монастырь получил во владение деревню Гнилицу с прилегающими землями в Стрелицком стане.
После революции монастырь был закрыт и разорён. В 1948—2005 годах в Алексиевской церкви монастыря размещался Нижегородский планетарий. Возрождение монастыря началось в 1993 году. Сначала в монастыре открылось духовное училище, которое через два года решением Священного Синода было преобразовано в духовную семинарию.
Первым её ректором и духовным отцом стал иеромонах Кирилл. В восстанавливаемом храме святителя Алексия в 2007 году был смонтирован фарфоровый иконостас. Фарфоровые иконостасы есть в нескольких храмах Москвы, на Валааме, в Екатеринбурге. В Нижнем Новгороде это первый опыт установки в храме подобного иконостаса.
7 апреля 2009 года, в праздник Благовещения, были освящены иконы праотеческого ряда уникального древнерусского иконостаса Благовещенского собора, на иконах изображены праотцы Авель, Исаак, Ной, Сиф, Енох и Авраам. С 2010 года прихожане монастыря оказывают помощь в восстановлении Церкви Иоанна Предтечи в селе Прудищи. 7 мая 2011 года архиепископ Нижегородский и Арзамасский Георгий совершил освящение храма преподобного Сергия Радонежского. 23 августа 2013 года на территории монастыря был торжественно открыт бронзовый памятник-бюст императору Александру III.
