Деревянная клетская церковь Рождества Иоанна Предтечи на Нижнем посаде известна с XV века. В начале XVII века церковь имела трапезную и паперть.
В 1676 году купец Гавриил Дранишников, вернувшийся после многолетней службы из Астрахани, испросил благословение митрополита Филарета на строительство каменного храма своею казною. Строительство храма должно было подтвердить приверженность Дранишникова православию, так как за время отсутствия его жена Анна и сын стали старообрядцами и бежали в Керженские скиты. 24 августа 1679 года Гаврила Дранишников скончался, но храм был достроен его братом Лаврентием, как завещал Дранишников, с южным приделом в честь мученицы Анны в память ушедшей в раскол жены.
Храм, типа корабль, был поставлен на высоком кирпичном подхрамье, в котором размещались лавки, сдаваемые причтом купцам в наём. В 1814 году к северной стороне трапезной пристроили Духовской придел.
В ходе градостроительных преобразований 1834—1839 годов было указано очистить прилегающие к Кремлю земли от всевозможных строений, а теплой придел Предтечинской на Нижнем Посаде церкви и все имеющиеся под оной лавки сломить, что нарушило древнюю дренажную систему, и подземные родники стали постепенно размывать фундаменты. Ремонтные работы в храме в 1830—1840-х годах выполнялись архитекторами Антоном Леером, Иваном Ефимовым, Георгом Кизеветтером.
В 1855 году к церкви пристроили шатровую часовню Александра Невского и сторожку. В 1870 году была перестроена колокольня. В 1881—1885 годах вновь потребовались крупные восстановительные работы. В 1899 году после разрыва внутри храма железной связи переложен алтарь.
В 1937 году церковь была закрыта, а последний настоятель расстрелян. В советский период в здании церкви располагалась спортивная школа мотоциклистов ДОСААФ.
Храм был возвращён Нижегородской епархии в 90-е годы XX века, с 1994 года возобновлены богослужения. В июне 2004 года было принято решение восстановить храм, начались ремонтные работы. Средства на восстановление были получены от меценатов, из 67 млн рублей 60 млн были вложены Балахнинским ЦБК. 4 апреля 2005 года освящены ещё 3 креста для установки на купола, 2 уже были установлены. 5 августа 2005 года на колокольню были установлены купол и крест. 4 ноября 2005 года церковь была освящена Патриархом Московским и всея Руси Алексием II. Во время ремонта, службы не прекращались.
В ходе восстановительных работ была сооружена подпорная бетонная стена, а нулевые отметки возвращены к уровню XIX века.
В 2009 году при храме начал действовать православный лекторий.
