Церковь Рождества Богородицы — один из самых маленьких храмов новгородской земли (7,5 на 9,5 на 12 метров). О сооружении каменной церкви на месте мольбища в летописях прямых сведений нет. Каменная постройка датируется 30-ми годами XIII века. Предположительно, её построили в 1226 году, когда в Новгороде находился отец Александра Невского и проходили публичные выборы архимандрита.
Первые обмеры и исследование Перынской церкви проведены в 1947—1948 годах Р. А. Кацнельсон (тогда были обнаружены под слоем кирпича фрагменты фресок XIII века), а в 1961 году — архитектором Л. Е. Красноречьевым, который и составил окончательный проект реставрации на первоначальную дату (XIII век). Реставрационные работы проведены в 1962—1965 годах (без реставрации интерьера).
В результате реставрации выявлены первоначальное трёхлопастное покрытие церкви, фрагменты фресковой росписи в притолоках окопных проёмов барабана. Чуть сужающиеся кверху стены, лопатки, окна, барабан церкви усиливают эффект легкости и устремлённости ввысь. Внутрь здания ведут три просторных входа. Они и широко расставленные стройные подкупольные столбы способствуют тому, что и при малых размерах церковь производит впечатление просторного, высокого сооружения. Основу дошедшего до нас здания составляет кладка домонгольского времени — сочетание известняка и тонкого кирпича — плинфы, положенных на известковом растворе, с примесью кирпичной крошки (цемянки).
Крест, венчающий церковь, — так называемый «крест накупольный с полумесяцем», типичной для домонгольского периода формы, которая происходит от «креста расцветшего», или «креста виноградной лозы». («Я есть истинная виноградная Лоза, а Отец Мой — Виноградарь») Таким образом, полумесяц под крестом по происхождению является стилизованной виноградной лозой, не имеет никакого отношения к символике мусульманства, но имеет множество христианских толкований.
Храм Рождества Богородицы на Перыни является одним из немногих архитектурных памятников XIII века в России. Фасады церкви, не расчленённые лопатками, были лишены какого-либо декора. По своему архитектурному облику Перынская церковь как бы предвосхищала характерные черты новгородского зодчества конца XIII — первой половины XIV века.
В настоящее время памятник реставрирован в первоначальном виде. После реставрации интерьера Архиепископ Новгородский и Старорусский Лев освятил храм 10 марта 2001 года. В 2004 г. состоялся первый и пока последний постриг в иноки.
