Собор Спаса Нерукотворного Образа находится к северо-западу от Георгиевского собора, с северной и южной сторон к нему вплотную примыкают крылья Архимандритского корпуса Свято-Юрьева монастыря. Памятник представляет собой рядовое здание XIX века.
Первоначально, в 1763 году, в нескольких метрах от Георгиевского собора по заказу архимандрита монастыря Иоанникия I возвели каменную церковь Александра Невского и его брата Федора. В 1823 году эта церковь сгорела. На ее фундаменте в 1823—1824 годах с использованием старой кладки и был возведен Спасский собор. Заказчик этого храма был архимандрит Фотий, средства пожертвовала Анна Орлова.
Собор был построен с двумя приделами, святой Анны и Фотия и Аникиты. В 1830 году по проекту новгородского губернского архитектора с западной стороны к собору пристроили паперть. В 1836 году в подвальном этаже храма устроили церковь Похвалы Богородицы, в которой были погребены архимандрит Фотий и благотворительница монастыря Анна Орлова-Чесменская. В 1841 году с южной стороны пристроили придел Всех Святых, примкнувший непосредственно к приделу Святой Анны. В 1848—1849 годах собор обновили, а в 1850-м году с северной стороны пристроили еще один придел в честь Алексея Митрополита Московского.
После закрытия монастыря в 1929 году Спасская церковь вместе с гробницами Фотия и Анны Орловой была разорена. Останки их исчезли, но позже были чудесным образом обретены у алтаря Благовещенского храма в Аркажах. Во время Великой Отечественной войны Спасский собор сильно пострадал, были уничтожены все главы. Восстановительные работы прошли в храме в 1954—1956 годах. В настоящее время храм вновь действует.