Заказал Церковь Прокопия, в 29 году XVI века, московский купец Дмитрий Иванович Сырков, сын Ивана Сыркова. Церковь возвели на территории Ярославова дворища на месте первоначальной каменной Церкви Прокопия 1359 года постройки. Заказчик задумал совершить не только богоугодное дело, но и построить удобное помещение, для надежного укрытия во время войны, народных волнений или пожара, поэтому этот храм, как и церковь Жен-мироносиц, имеет три этажа.
Под церковью устроили подвал, или, как его называли в древней летописи «погреб», и это помимо расположенного на уровне поверхности земли подклета. Этажность строения на фасаде не выражена, также как в церквях XV века. Памятник четырехстолпный, крестовокупольный с одной главой. Влияние московской архитектуры видно в килевидном завершении среднего членения фасада, декорировке барабана и на килевидных арках западной пристройки. Как и раньше три аспиды, вместо одной, что тоже связано с зодчеством Москвы.
Сближает Церковь Покрова с архитектурой Новгорода лишь общая композиция постройки и пощипцовая восьмискатная кровля. У более старой, кирпичной церкви были сильнее выражены геометрические формы. В западной стене нынешнего храма имеется внутристенная узкая лестница, ведущая в помещения второго этажа. В диаконнике в 52 либо в 65 году XVI века, размещался придел Святого Александра Свирского. Роспись церкви датируется XVI веком, о чем говорят фрагменты живописи на юго-западном столбе. В древности церковь два раза страдала от пожаров в 42 году XVI века и в 09 году XVIII века.
В XIX веке пристроили западную паперть, надстроили древний притвор, произвели разборку северо-западного столба, перестроили восточные столбы. С 1953 по 1955 годы, под руководством архитектора-рестовратора Тамары Викторовны Гладенко, была произведена реконструкция этого памятника архитектуры. У церкви прекрасные пропорции, пластичность и сдержанность декора. Внутри храма, на юго-западном столбе сохранилась монументальная живопись XVI века. Здесь впервые в Новгороде встречается конструкция повышенных подпружных арок, распространенных в зодчестве Пскова и Москвы. Благодаря своим завораживающим пропорциям, и грамотно примененному сдержанному декору сооружение поражает выразительностью, простотой и скромностью.
