В отличии от большинства старинных новгородских церквей, он была построена уже во времена Московской Руси, в 1557 году. Эта дата как год первоначальной постройки стоит во всех изданиях. В то время этот район имел менее регулярную планировку, чем в наши дни, Большой Московской улицы еще не было, и храм прямиком выходил на несуществующую ныне Никитину улицу.
Впрочем, справедливости ради, отметим, что еще во времена Новгородской независимости в новгородском летописании в этом районе дважды упоминается одноименный храм. Так, во время страшного пожара 1368 года, правобережный Плотницкий конец, район, города погорел от «Никиты до Родоковиц и церкви погоре». Видимо среди погоревших церквей был и этот храм.
Впоследствии, специалист по новгородским церковным древностям, митрополит Макарий Миролюбов, ссылаясь, по видимому, на неизвестный нам источник, уверял, что церковь Никиты была отстроена в камне в 1375 году. Но уже в 1406 году она опять обветшала и, согласно Новгородской I летописи, «Поставлены быша 3 церкви, Рожество святого Иоана Предтеця в Ростькинѣ монастыри, и святыи Петръ и Павелъ в Неревьском конци, и святого Никиту въ Плотничкомъ концѣ.»
Очевидно, эта церковь была уличанским храмом, тем более что никогда других цервей на Никитиной улице не было. Перед ней сходилось уличанское вече. Как видно из летописей и актов, новгородские уличане имели право строить на своей улице церкви, распоряжаться на ней землей, а также жаловаться в вышестоящие инстанции на произвол, чинимый пришлыми иноземцами и представителями других новгородских районов.
К примеру, в ганзейском донесении описана целая история о том, как уличане Михайловой улицы с участием городских властей принуждали жителей немецкого купеческого подворья не выдвигать своих ворот ни на пядь вглубь уличной территории. Однако, и жители нашей Никитиной улицы не чуть ни меньше бооролись за свои права. Из московской великокняжеской летописи известно, что в 1475 году те пожаловались великому князю Ивану III на произвол заречного посадника с Неревского конца.
Иван III, расположившийся в ту пору на Городище под Новгородом, ловко использовал это как повод для показательного судопроизводства, известного как суд на Городище, или Городищенское стояние, где предстал перед своими новгородскими сторонниками верным заступником от обидчиков из пролитовской партии. После этого представители московской партии от бояр до простых людей не раз обращались к князю и даже приезжали к нему специально в Москву. И в дальнейшем слишком подобострастное поведение некоторых из них князь и вовсе использует как повод для «размирья» с Новгородом и окончательного присоединения его к Московскому государству.
Так жители Никитиной улицы невольно предоставили удобный повод для падения вечевой республики. В относительно современном виде церковь была отстроена в 1558 году. При этом, здание было создано в уникальном для Новгорода стиле, зодчие нисколько не считались с симметрией ,колокольня поставлена подле апсид, в юго-восточном углу, а словно для равновесия, по диагонали, к северо-западному углу пристроен придел святого Николачя Чудотворца. В 1570-е годы Никитина улица,вероятно вместе с вновь отстроенной церковью Никиты Мученика, оказалась на территории Государева двора Ивана Грозного.
В 1571 году, после страшного новгородского разорения, этот царь, вместе с двумя сыновьями прибыл на Государев Двор на Никитину улицу. Но и после эпохи Ивана Грозного храм на десятки лет оставался одним из самых статусных в городе. В XVII веке, к примеру, бытовала традиция проведения в нем службы новгородскими архиереями. В 1722 году с запада к храму пристроили притвор.
В 1730-е годы, 1780-е годы, этот район полностью был перепланирован и получил привычную нам регулярную планировку. Храм Никиты Мученика оказался попросту на задворках, ибо после исчезновения Никитиной улицы он перестал выходить на какую-либо дорогу. Разве что западной стороной он был обращен к Большой Московской, хотя находится от нее в некотором отдалении. Но к тому времени былая статусность его ушла и он стал обычным, разве что сравнительно просторным, приходским храмом северной окраины исторической части города.
В 1813 году, обветшавшие своды храма были заменены на новые. Храм получил привычный нам низкий купол на низком и широком барабане. Тогда же, очевидно, был создан шпиль на колокольне, а западный притвор переоблицован в стиле классицизма.
В советское время храм был закрыт, в нем находился шахматный клуб. Но в постперестроечное время здание запустело и долгое время было приютом для бомжей. Окна были местами выбиты. Естественно, говорить о соблюдении необходимого температурно-влажностного режима тут не приходится. В результате,здание быстро пришло в негодность. В 2000-е годах оно было достаточно серьезно отреставрировано. Однако, цоколь здания с широкой обращенной к Большой Московской улицы лестницей по-прежнему выглядят убого, да и внутренний интерьер также ждет ремонта.
