Самый древний храм в Новгороде и один из самых ранних на Руси во имя св. мучеников Бориса и Глеба был поставлен еще в 1146 году в “граде” на месте, где стоял деревянный Софийский храм “о 13 верхах”. Первоначальную деревянную церковь в 1167 году сменили на каменную и в 1171 году освятили.
Летописец отмечает, что храм был “гораздо бо бяше и лепа”. Церковь много раз горела, рушилась и перестраивалась. В 1405 году во время пожара она “вся выгоре”, а в 1411 году архиепископ Евфимий поставил новую церковь Бориса и Глеба на старой основе. Окончательно храм разрушился и был разобран во второй половине XVII века. Сейчас на этом месте в Кремле стоит церковь Андрея Стратилата.
До наших дней сохранилась только церковь Бориса и Глеба в Плотниках. История этого храма прослеживается по летописям, описанию новгородских древностей архимандрита Макария и дополняется современными исследованиями. Первоначальное упоминание о каменном одноглавом храме Бориса и Глеба относится к 1377 году. Храм неоднократно подвергался пожарам, а после последнего пришел в ветхость и был разобран.
В 1536 году силами двух улиц, Запольской и Конюховой, «всем приходом тое церкви, московскими гостьми и новгородскими и всем народом православных людей» началось строительство нового каменного пятиглавого храма с двумя приделами «на полатех» — святого Николая Чудотворца и святого Владимира.
За пять месяцев церковь была построена, а в 1537 году освящена. Храм строили тридцать человек, из них «20 человек больших мастеров». Тогда же был сооружен притвор. В XVI веке церковь считалась соборной, а по актам XVII века, ружною. На день Бориса и Глеба в XVII веке в Борисоглебской церкви положена была архиерейская служба, состоявшая из молебна и литургии. В 1715 году храм пострадал от молнии, о чем была сделана надпись на старинной большой иконе Вседержателя при ее возобновлении, «стрела громовая и молния опали святыя образа, престол и ризы, пророки и апостолы и праздничные в разных местах попалило».
Собор хорошо сохранил первоначальные архитектурные формы. Он представляет собой четырехстолпную кубическую постройку с одной полукруглой апсидой и пониженным западным притвором, завершенную пятью главами. Четыре из глав глухие, а центральная световая. Фасады разделены лопатками на три прясла. Плановое решение основного объема типично для новгородской архитектуры республиканского времени. И это не случайно, ведь собор XVI века возводился на основании XIV века. То, что в его строительстве участвовали 20 больших новгородских мастеров, предопределило архаичность архитектурного облика и приверженность к старым новгородским традициям.
Новые архитектурные веяния проявились в пятиглавии, устройстве подклета, многощипцовом завершении фасадов, фризах из пятиугольных ниш, опоясывающих барабаны глав и карниз апсиды. Церковь Бориса и Глеба двухэтажная с одной алтарной апсидой и пристройкой с западной стороны. Пристройка, древний притвор, двухэтажная с двумя поздними приделами, северный во имя Покрова Пресвятой Богородицы, южный святого Николая Чудотворца. Лестница на хоры, устроенная в толще западной стены церкви, вела в придел св. Владимира.
Позже, вероятно, во второй половине XVIII века, она была заложена. Южный придел св. Николая Чудотворца перенесен в западный притвор, а придел св. Владимира в подцерковье. Тогда же впервые упоминается Покровский придел в северной части притвора. Из иконостаса Борисоглебской церкви сохранились некоторые иконы, хранящиеся ныне в Новгородском музее, храмовая Бориса и Глеба «на конях», Благовещение с Феодором Тироном, святого Николая с житием, Страшный суд.
К началу XX века Борисоглебская церковь пришла в запустение. По донесению новгородского архиепископа Гурия в Св. Синод, она была одной из «беднейших церквей в империи». После 1907 года церковь была отремонтирована. Во время ремонтных работ архитектором В. В. Сусловым впервые были сделаны обмеры храма XVI века.
В апреле 1933 года церковь Бориса и Глеба была закрыта. В 1950 годы проводились реставрационные работы на Основном объеме под руководством 3.И. Васильевой. В 1960-е годы исследованиями и реставрацией притвора XVI века занималась Т. В. Гладенко, а в начале 1980-х годов работы, главным образом в интерьере, продолжил В. А. Попов. В 1992 году она передана Новгородской епархии и 6 августа того же года освящена.
