Церковь невелика и насколько может, напоминает об утраченном ансамбле, когда-то бывшем здесь и состоящем из двух храмов, ограды, Святых ворот, часовен и усыпальниц. Рядом находилась не сохранившаяся до наших дней церковь Алексия Божьего человека. Построена она у входа на старое городское кладбище на средства купцов Тимофея и Александра Чистовых в 1866 году, в карточке 1860 год. Она представляет редко встречающееся в провинции архитектурное направление неоренессанс, подобные церкви можно увидеть в Санкт-Петербурге. Архитектор не известен.
Скорбященская церковь была закрыта в 1929 году и лишилась глав, но благодаря использованию под мастерские и архив, сохранилась. С 1971 года в здании располагался Народный музей. В 1990-х годах возвращен верующим. В настоящее время храм является действующим, это приписная церковь к Успенскому собору, частично отреставрирован, в 2009 году появились новые купола. Также идут работы по приведению в порядок кладбища и возвращению на место сохранившихся надгробий, ведущих свою историю с XVIII века. На надгробьях, уже знакомые из истории города, фамилии граждан старого Мышкина.
В настоящее время в храме регулярно совершаются богослужения в зимний период, в летний период в Успенском соборе города Мышкина, в летний период в храме совершаются заупокойные богослужения и требы.
6 ноября 2012 года, по окончании Божественной литургии, отслуженной епископом Рыбинским и Угличским Вениамином в храме в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость» города Мышкина, состоялось освящение кладбищенской часовни. Освящение совершил епископ Рыбинский и Угличский Вениамин. Часовня сооружена благодаря трудам главы Мышкинского района А. Г. Курицына, градоначальника г. Мышкина А. П. Лыткина, А. Н. Дугина, участницы Великой Отечественной войны А. И. Суворовой и других жертвователей.
