Храм пророка Илии – одноэтажный, небольшого размера, построенный в форме квадрата, с алтарем, устроенным полукружьем. Строительный материал – тяжеловесный кирпич. К церкви примыкают два помещения, в которых раньше располагались больничная палата и трапезная с небольшой кухней. Все три здания строились не одновременно, что видно по стыкам между ними. Между церковью и больничными палатами устроен “слуховой проем”, заставленный металлической решеткой. Сделано это, очевидно, для того, чтобы больные, находившиеся в палате, могли слышать и видеть церковную службу.
Северо-восточная часть монастырского двора, где расположены больничные палаты с Ильинской церковью, стала местом захоронения погибших в сражениях в 1610 году. Предание о том, что на этом месте было кладбище, подтвердилось в 1955-1960 годах, когда строили водонапорную башню и рыли траншеи для укладки водопроводных труб. Таким образом, храм пророка Илии с больничными палатами, построенный на костях предков, является своеобразным памятником тем героям, которые сложили свои головы в боях за Родину.
В воспоминание о печальных событиях 1610 года, когда поляки разорили монастырь и перебили всех его защитников, рядом с храмом пророка Илии установили каменный поклонный крест. С храма пророка Илии началась новейшая история монастыря в конце XX века. После передачи советской властью Пафнутьева монастыря Калужской епархии в 1991 году в обитель вернулись монахи и начали совершать первые богослужения в этом храме. 13 апреля 1991 года состоялось освящение Ильинской церкви с Больничными палатами, в престол были положены мощи Свт. Харалампия, епископа Магнезийского.
