В 1589 году в монастыре был поставлен первый каменный Никольский собор, который был сожжен и разрушен поляками в 1612 году.
Строительство нового Никольского собора на подклете старого началось в 1620-е годы, а освящён собор был лишь в 1677 году. Сегодня Никольский собор представляет собой приземистое и грузное пятиглавое кубическое сооружение с двумя приделами, близкое по композиции к храмам Ярославля. В конце XIX века к нему пристроили паперть и колокольню.
Собор каменный, холодный, прочный, во имя святителя Николая. Собор о трёх приделах, средний во имя святителя Николая, левый придел во имя великомученика Федора Стратилата, а правый во имя святого Архангела Гавриила и преподобной Марии Египетской. Храмовые праздники 9 мая, 6 дек., 8 февр., 1 апр. и 26 марта. Время первоначального построения собора неизвестно, а приделы устроены, святого Архангела Гавриила и преподобной Марии Египетской в 1898 году. В соборе придел Архангкла Гавриила устроен на средства московской купчихи Марии Александровны Гусевой. Чтимые святыни, чудотворная и явленная икона святителя и чудотворца Николая и при ней часть святых мощей сего угодника Божия, собранная в серебряном ковчеге.
