Церковь Флора и Лавра находится на берегу Волги возле теплоходного причала. В конце XVI века в тех местах стояла церковь Собора Богородицы и Флора и Лавра. Но она, несомненно, существовала и раньше, так как числилась при княжеских конюшнях, в удельное время вынесенных из кремля из-за недостатка места. Святые Флор и Лавр — покровители лошадей, из этого понятно, почему данная церковь была при конюшнях. Улица, проходившая здесь, называлась Конюшенной. Именно по ней коней приводили к княжескому дворцу. Улица вела к восточным воротам кремля, которые назывались Флоровскими.
Храм уцелел после бед и потрясений Смутного времени, и в Писцовых книгах 1663 года значится все та же церковь при конюшнях. Она была деревянная с трапезною, шатровая, об одной главе.
В 1762 году ее заменили каменным храмом, построенным на средства прихожан, в котором были престолы Воскресения Христова и Собора Богородицы. Приделу Флора и Лавра места не нашлось, но память о нем всегда была жива, хранилась храмовая икона. До революции она упоминалась под названием либо Воскресенской, либо Воскресенско-Флоровской, и лишь в XX веке сменила имя и стала называться церковью Флора и Лавра.
Построена церковь в лучших традициях устоявшейся угличской храмовой архитектуры, высокая, в три «света», то есть с тремя горизонтальными рядами окон, с небольшими куполами на тонких барабанах. Окна обрамлены вытянутыми кверху наличниками в стиле барокко. В храме было два этажа, верхний, «летний» храм и нижний, «теплый». Отличительной особенностью церкви была отдельно стоящая колокольня, очень напоминавшая соборную колокольню в кремле. В верхний храм вело красивое двустороннее крыльцо, пристроенное с запада.
В советское время церковь, украшавшая собой панораму угличской набережной, была изуродована до неузнаваемости, снесена колокольня, купола, перестроено крыльцо. Обезглавленная церковь стояла посреди парка на набережной, в ней по очереди располагались различные учреждения, которые своими переустройствами здания только усугубляли урон.
В 2005 году началось восстановление храма. 9 октября 2008 года на четверике храма засияли золотом новые купола. В этот же год начались богослужения в нижнем храме.
