На исходе XVII века в монастыре начинается каменное строительство в 1689-1700 годах при игуменье Елене угличскими мастерами была построена церковь Богоявления Господня с приделом Смоленской Божией Матери. В ее нижнем этаже размещалась церковь в честь Апостолов Иоанна Богослова и Андрея Первозванного. В 1775 году в находящейся рядом палатке был устроен придел Иоанна Милостивого и Димитрия Ростовского. Но «в 1840 году, вследствие разных неудобств и темноты, все эти храмы упразднены и вместо них устроена больница». В октябре 1853 года, после освящения нового Богоявленского собора, старая Богоявленская церковь была упразднена. В следующем 1854 году ее главный престол был освящен в честь Смоленской иконы Божией Матери, а северный придел в честь Воздвижения Животворящего Креста Господня. Этот предел упразднен, используется, как ризничная.
Смоленская церковь является типичным пятиглавым трапезным храмом, поднятым на подклет, своими формами она близка церкви Одигитрии Воскресенского монастыря и Введенской церкви Николо-Улейминского монастыря. Первоначально у храма были крыльцо на два схода и шатровая колокольня. Прежнее крыльцо в XIX веке было заменено другим в классическом стиле, пристроенным с северной стороны. Над его куполом имелось завершение в виде тонкого шпиля, увенчанного крестом. С южной стороны на месте крыльца была построена небольшая палатка. При реставрации церкви в 1970-1975 годах ее разобрали и на месте проема выложили две арки, повторяющие формы западной галереи. Колокольня была шатровой, поставленной на небольшую палатку, от которой сохранилась нижняя часть. Ее разобрали из-за ветхости и «за ненадобностью» после постройки новой колокольни у Федоровской церкви. В рядной записи, заключенной монастырем на строительство церкви в 1689 году содержатся некоторые сведения об утраченной колокольне. Колокольня своим обликом могла напоминать сохранившиеся у церкви Рождества Иоанна Предтечи «на Волге» и у Введенской церкви Николо-Улейминского монастыря. В нашем распоряжении нет каких-либо изображений колокольни.
В интерьере храма первоначально находился пятиярусный вызолоченный иконостас, росписи отсутствовали. При возобновлении церкви в 1854 году был установлен новый трехъярусный иконостас, у которого детали были вызолочены на полимент, а гладкие места покрыты красной краской под лак. В иконостас были помещены многие прежние иконы, выполненные в XVII-XVIII века. В этот период церковь была расписана, в храмовой части выполнены росписи на тему чудес от Смоленской иконы Божией Матери, в данный момент росписи утеряны, а в Воздвиженском приделе на своде написано изображение Божией Матери и стих, «О Тебе радуется, благодатная, всякая тварь». Живопись храмовой части, занимающая большую часть поверхности стен и состоящая из небольших клейм, заключенных в орнаментальные рамки, композиционно близка традиционной церковной живописи XVII-XVIII веков.
В храме Смоленской иконы Божией Матери сейчас проживают сестры.
