В XIX веке Богоявленский монастырь вступает в период расцвета, в нем начинается активное каменное строительство. Самым значительным делом того времени стало возведение обширного храма в честь Феодоровской иконы Божией Матери, который стал летним собором монастыря. Строительство началось 21 мая 1805 года при игуменье Маргарите, а завершилось в 1818 году при игуменье Августе Чепчуговой. В 1836-1839 годах при игуменье Еликониде Муратовой к западному фасаду церкви была пристроена внушительная трехъярусная колокольня, соединявшаяся через перешеек. Колокольня была ярусной четырехгранной с арочными проемами и колоннами. Ее нижний ярус был равен по высоте объему церкви и повторял его оформление. Завершением служили купол, небольшой барабан и вызолоченная глава. Высота колокольни составляла 30 сажен, 64 м. В ее нижнем ярусе размещалась монастырская библиотека.
За исключением утраты колокольни, Феодоровская церковь хорошо сохранила первоначальную архитектуру, не подвергалась каким-либо перестройкам. Интерьер храма был расписан в 1822-1824 годах артелью известного провинциального живописца Епифана Алексеевича Медведева. Росписи были выполнены в классической манере и в основном включали сюжеты на сводах и в центральном барабане. Поверхности стен были покрыты «живописной уборкой», представляющей иллюзорную имитацию архитектурных деталей. В отдельных небольших клеймах могли размещаться изображения святых. В алтаре на Горнем месте на фоне иллюзорной уходящей вдаль колоннады находилось изображение Тайной Вечери. Впоследствии, в 1862 году, росписи были поновлены ярославским мещанином Егором Дьяконовым и дополнены новыми сюжетами на тему чудес от иконы Федоровской Божией Матери.
Первоначальный иконостас храма был выполнен в виде венца, поддерживаемого четырьмя колоннами, это был классицистический невысокий иконостас, оставлявший открытой верхнюю часть алтаря и не нарушавший единство интерьера. В 1862 году этот иконостас был заменён другим прямым трехъярусным, занявшим всю восточную стену и полностью закрывшим алтарную часть. Кроме того, по периметру стен были установлены киоты для двадцати икон. Многие образы были покрыты ризами из ткани, шитыми золотом, жемчугом, бисером, стеклярусом.
В 1930-х годах после закрытия монастыря колокольня была разрушена. В 1980-х годах и в 2010 году церковь отреставрирована. Возвращена верующим в 2003 году. В настоящее время является летним храмом монастыря.
