Богоявленский монастырь основан в конце XIV века женой Димитрия Донского великой княгиней Евдокией, в иночестве Евфросиньей. Располагалась обитель в северо-западной части кремля. В Богоявленском монастыре 20 ноября 1591 года была пострижена в инокини царица Мария Федоровна Нагая, мать царевича Димитрия. В то время обитель была деревянной и имела два храма Богоявленский и Смоленский.
В 1609 году поляки сожгли монастырь, убив игуменью Анастасию и пять сестер. В 1629 году при участии инокини Марфы, матери царя Михаила Федоровича, монастырь восстанавливается на прежнем месте. Великая старица жаловала возрожденной обители деньги, села, пустыни, мельницы.
В 1661 году игуменья Пелагея обратилась с просьбой к царю Алексею Михайловичу о перенесении построек монастыря на пустопорожние земли, принадлежавшие Ростовскому Архиерейскому дому. Такое разрешение было получено. К 1670-м годам на новом месте уже стояли деревянные церкви во имя Богоявления Господня и во имя иконы Божией Матери, именуемой «Страстная».
От удара молнии 26 сентября 1677 года сгорела деревянная церковь Богоявления. В 1689 году митрополит Ростовский Иона Сысоевич выдал грамоту на строительство нового, каменного храма. В 1700 году бригадой строителей из местных посадских людей возведена пятиглавая церковь во имя Богоявления Господня на подклете, с трапезной и колокольней, сломана в 1834 году. Главный престол был освящен во имя Богоявления Господня, придельный, во имя Смоленской иконы Божией Матери. В подклете храма было освящено еще два престола, во имя славных и всехвальных апостолов Иоанна Богослова и Андрея Первозванного, а в 1775 году, во имя Иоанна Милостивого и святителя Димитрия, митрополита Ростовского.
В 1846 году нижние престолы храма были упразднены и подклетные помещения заняты больницей. В 1853 году, в связи с освящением нового Богоявленского собора, церковь Богоявления упразднена. В 1854 году она переосвящена во имя Смоленской иконы Божией Матери. Смоленский же придел бывшей Богоявленской церкви переустроен на средства угличского почетного гражданина Ивана Аркадьевича Зимина и освящен во имя Воздвижения Честного и Животворящего Креста Господня. В нем место храмовой иконы занял крест с частицей мощей более шестидесяти святых, в том числе и князя Димитрия. Был поновлен и интерьер основного храма, его стены и своды расписаны сценами с изображением чудес Смоленской Богоматери. Старый пятиярусный иконостас заменен новым, трехъярусным. С севера к паперти-галерее пристроено крыльцо.
Особенно почиталась икона «Благовещение», написанная в 1696 году известным царским изографом И.М. Бобылевым. Эта святыня была подарена храму старцем Пахомием, казначеем Троице-Сергиевой Лавры.
В память Федоровской иконы Божией Матери, подаренной монастырю матерью царя Михаила Федоровича Романова, инокиней Марфой, 21 мая 1805 года была заложена одноименная каменная пятиглавая однопрестольная церковь. Строительство храма завершилось в 1818 году. В этом же году церковь была освящена. В 1822-1824 годах Тимофеем Медведевым расписан интерьер храма. Тогда же установлен иконостас в виде венца, поддерживаемого четырьмя колоннами. В 1826-1837 годах с запада пристроена небольшая паперть и возвышающаяся над ней ярусная колокольня, разобрана в 50-е годы того же века, в нижнем ярусе которого размещалась библиотека. В 1862 году храм поновлен, вместо старого иконостаса установлен новый, пятиярусный, стены расписаны изображениями чудес от Федоровской иконы Божией Матери. Живописные работы выполнены ярославским мещанином Егором Дьяконовым. В 1890 году на заводе купца Оловянишникова заказан колокол в 500 пудов. Он был восьмым по счету, и самым большим.
Строительство нового Богоявленского каменного собора по проекту К.Н. Тона началось 19 октября 1843 года на земле, купленной монастырем у купца Г.В. Буторина. В октябре 1853 года состоялось освящение трех его престолов, во имя богоявления Господня; во имя Толгской иконы Божией Матери; во имя святителя Николая, архиепископа Мир Ликийских чудотворца и Иоанна Милостивого. Пятиглавый, на подклете, собор был точной копией церкви во имя Святой Екатерины в Петербурге. В 1870-е годы Д.Г. Буренин с сыном Павлом выполнил настенную роспись. В 1881 году храм был частично отремонтирован, а в 1904-1906 годах произведен капитальный ремонт. В подклете под алтарем Толгского престола была устроена часовня для хранения особо чтимой святыни храма, иконы «Недремлющее око».
В Богоявленском соборе особенно почитались, список с чудотворного Толгского образа, пожертвованный обители в 1852 году московской купчихой Татьяной Степановной Будыниной; икона Николая Чудотворца, подаренная в том же году петербургским купцом Матвеем Тимофеевичем Бриховым, гробница с частичками мощей Иоанна Милостивого, пожертвованная в 1845 году помещиком Московской губернии Гаврилом Павловичем Головиным.
В 1887 году в одной из башен монастырской ограды освящена однопрестольная церковь во имя иконы Божией Матери, именуемой «Достойно есть», устроенная на средства благодетелей.
Богоявленский монастырь закрыт в 1930-е годы. В советское период его храмы использовались под складские помещения.
В 1970-1980-е годы в Смоленской и Федоровской церквах проведена реставрация под руководством архитектора С.Е. Новикова. В 1976 году Смоленский храм передан Угличскому историческо-художественному музею, в 1992 году, Федоровский. В 2000 году Богоявленский собор передан Русской Православной Церкви. В октябре 2010 года монастырь открыт вновь, начинается восстановление утраченной святыни.
