В XVII веке город Ногинск был ямским селом Рогожа. В нем на месте нынешнего собора стоял храм во имя святителя Николая. В 1755—1767 годах в селе Рогожа, Старый Рогожский Ям, на пожертвования прихожан был возведен каменный храм в честь Богоявления Господня с приделом во имя Николая Чудотворца. В 1782 году село получило статус города и было переименовано в Богородск.
В 1822—1824 годах к храму пристроили трапезную с приделами, в честь Покрова Божией Матери, в память избавления города в 1812 году от французов, которое пришлось на праздник Покрова, и во имя святителя Николая. Тогда же построили двухъярусную колокольню. В 1873 году церковь была наименована собором. Тогда же по прошению прихожан собор был разобран, и в 1876 году построен новый, более просторный храм в честь Святого Богоявления Господня с теми же приделами. В 1885—1886 годах колокольню надстроили третьим ярусом звона, а в 1890 году сюда торжественно поместили колокол в 1250 пудов, самый большой из всех колоколов в уездных городах России, отлитый на пожертвования горожан. Всего было 13 колоколов.
Собору принадлежали, каменная часовня в церковной ограде, в часовне было более 90 икон, каменный двухэтажный дом близ собора, построен в 1834 году, каменная часовня на городской площади, построенная Городской думой в память спасения царской семьи 17 октября 1888 годв, каменный двухэтажный дом на Шоссейной улице с лавкой и деревянным флигелем, деревянное одноэтажное здание на церковной земле; деревянный дом-сторожка, выстроенный в 1896 году.
С 1895 года настоятелем определен будущий священномученик Константин Богородский, протоиерей Константин Алексеевич Голубев. Его честные мощи были обретены 20 ноября 1995 года и в настоящее время почивают в Тихвинском храме Ногинска Богородска.
Затем настоятелем Богоявленского собора стал протоиерей Николай Александрович Сперанский. В 1931 году он был арестован и выслан, вернулся из ссылки в середине 1930-х годов. В 1937 году вновь арестован и расстрелян в Бутово. Подобная участь ожидала большинство клириков и активных прихожан Богоявленского собора. Настоятелем собора в этот тяжелый для Церкви период был священномученик протоиерей Сергий Константинович Махаев, расстрелян в Бутово, после священномученик Николай Александрович Андреев, расстрелян 10 декабря в Бутово.
Собор был закрыт в 1938 году, с 1940 года в здании размещалось сапоговаляльное производство связанное с ядовитыми препаратами, на территории была газораздаточная станция. В 1953 году Ногинский исполком предпринял попытку сломать купола и разобрать колокольню, но собор удалось сохранить.
В 1989 году храм был передан верующим. Важным событием в жизни храма стала служба у мощей преподобного Серафима Саровского во время их перенесения в Дивеево в августе 1991 года. В 1993 году Богоявленский собор захватили раскольники. В ноябре 1997 года его удалось вернуть Русской Православной Церкви. Знаменательно, что первое богослужение в возвращенном храме было совершено в день обретения мощей священномученика Константина 20 ноября. Постепенно в храме восстановилась приходская жизнь. Были произведены ремонтные работы, сооружены новые резные иконостасы с писаными иконами.
К собору приписаны часовни, в честь Тихвинской иконы Божией Матери на территории собора, памяти павших в Великой Отечественной войне на площади Победы, часовня на городском кладбище.
