В отличии от предводителей Ярославского восстания представители советской власти смотрели совсем иначе на допустимые способы ведения войны. Сразу же после первоначального оцепенения, вызванного неожиданностью восстания, они приступили к жестокому подавлению. Большевики подтянули тяжелую артиллерию и начали расстреливать город зажигательными снарядами, одновременно начались бомбардировки с воздуха. При подавлении использовались три бронепоезда. Красные командиры планировали применить удушающий газ, но сильный ветер и дожди не позволили этого сделать. Ярославль стал первым городом, превращенным авиацией в руины.
Для подавления восстания был сформирован специальный губернский военно-революционный комитет, который возглавил коммунист Бабич, его помощниками были Гузарский и Геккер, осуществляющие командование на двух противоположных берегах реки. Любопытно, что на протяжении всего времени боев они постоянно требовали от командования прислать им новые и новые отряды наемников из китайцев и латышей, остальные красноармейцы сражались плохо, они в основном грабили и были трудно управляемы. Также руководители подавления восстания запросили 10 тысяч снарядов (это сверх тех, что уже имелись).
В течении полумесяца держались повстанцы, их силы возросли (историками указываются разная численность от 1,5 до 6 тысяч), но они были обречены. Союзники перенесли высадку десанта, а восстание в других городах было подавлено. Перхуров предлагал прорываться через части “красных” и уходить к Вологде или Казани, но местные повстанцы во главе с генералом Карповым отказались. В результате, было решено отправить Перхурова с небольшим отрядом за подмогой, а ярославцы остались сражаться. Вскоре у них закончились боеприпасы, и было решено сдаться немецкой миссии, которая занималась вопросами отправки немецких военнопленных на родину. Сначала миссия объявила сдавшихся своими пленными, но затем обманом передала их большевикам.
В ходе боев Ярославлю был нанесен значительный ущерб: уничтожены 20 заводов и фабрик, более 2000 домов, в том числе 67 правительственных зданий, десятки храмов, Демидовский юридический лицей с уникальной библиотекой. После прекращения боев советские руководители устроили массовую зачистку, в ходе которой только по официальным данным было убито свыше 5000 человек, не щадили никого. Руководитель восстания Перхуров смог добраться до Добровольческой армии,сражался в частях под командованием Каппеля, Колчака. На р.Лене попал в плен и прошел концлагеря Иркутска,Челябинска и Екатеринбурга. Свое руководство Ярославским восстанием он сумел скрыть. В январе 1921 г. он был освобожден и назначен преподавателем в школу младшего командного состава при штабе 69 стрелковой бригады. Через 5 месяцев его участие в антибольшевистском мятеже было раскрыто, Перхуров был арестован, отправлен в Москву и в 1922 году казнен.
В настоящее время происходит переосмысление произошедшего, выходят новые книги, которые изобличают советскую ложь о восстании, а к 100-летию был снят художественный фильм.
