Идея воздвижения над Пещерами ныне существующего в ските каменного храма в честь Черниговской иконы Пресвятой Богородицы принадлежит игумену Даниилу и была осуществлена по проекту, представленному архитектором Николаем Владимировичем Султановым. В деле принимали участие сам игумен Даниил, ризничий Троице-Сергивой Лавры архимандрит Афанасий, помощник лаврского эконома иеромонах Геннадий, заведующий пещерной обителью иеромонах Нектарий, а также многочисленная скитская и пещерная братия. Храм планировался просторным, в стиле русской архитектуры второй половины XVII века.
Гефсиманский скит не имел средств на строительство столь роскошного храма и, поэтому, пришлось обратиться к благотворителям. Не остались равнодушными и откликнулись на просьбу потомственный почетный гражданин Сергей Павлович Патрикеев, купец Михаил Васильевич Моргунов, княгиня Елена Петровна Черкасская, крестьянин Владимирской губернии Даниил Васильевич Киселев и многие другие.
28-го сентября 1886-го года, над Пещерами состоялась торжественная закладка будущего храма, которую совершал митрополит Московский Иннокентий Руднев.
Вскоре храм был отстроен. Его украшали два придела, во имя святых благоверных князей Бориса и Глеба, сооруженный на средства княгини Черкасской и освященный в 1889 году митрополитом Иоанникием, и во имя Пророка Божия Илии, построенный благодаря вкладам купца И.В. Патрикеева и освященный в 1890-м году. Кроме того, иждевением той же княгиги Черкасской, был устроен пещерный храм во имя Антония и Феодосия Киево-Печерских, где она, впоследствии и была погребена.
Наконец 26-го августа 1893-го года, в праздник Владимирской иконы Божией Матери, был освящен главный придел скитского храма в честь Черниговской иконы Пресвятой Богородицы. Чин освящения совершал епископ Дмитровский Александр Светлаков, управлявший в те годы Московской епархией.
Храм получился весьма красивым, и не только снаружи, но и внутри. Он оказался довольно вместительным, светлым, с роскошным металлическим иконостасом, выполненным на средства купчихи А.И. Осиповой, везде прекрасная настенная живопись в стиле XVI века, труд иконописца Н.М. Сафонова, пол выложен мозаикой с узором. По богатству украшений, своей красоте и художественному уровню отделки Черниговский храм принадлежал к числу самых знаменитых храмов России.
