Относительно времени возникновения кладбища за Базарной площадью существует две версии. Одна из них принадлежит краеведу Л.А. Банакину, по предположению которого, первые захоронения на этом месте появились в результате боев с польскими интервентами в 1609-1612 годах. До этого умершие погребались при своих приходских церквях. По другой версии, кладбище возникло после морового 1771 года. До 1800 года на кладбище была деревянная часовенка. В 1800 году на деньги, пожертвованные разными лицами, на кладбище была построена каменная церковь в стиле классицизма, которую освятили во имя иконы Божией Матери Боголюбской. Вскоре в 30-ти метрах от нее возвели каменную ограду с колокольней. Церковь была приписной к собору, и отдельного причта в ней не было: богослужения совершались соборным духовенством, в штате которого было 3 священника, 2 диакона, 2 псаломщика, а в особых случаях также причтом Преображенской городской церкви. Если кладбище Успенского монастыря считалось наиболее элитным, и там хоронили, в основном, богатых людей, монахинь и священников, на Боголюбском были захоронены вначале простые люди. Впоследствии на кладбище было много красивых памятников, которые могли считаться подлинными произведениями искусства. Не случайно это кладбище было 51 излюбленным местом прогулок Марины Цветаевой. Именно его она упоминает в одном из своих стихотворений,
Белое солнце и низкие низкие тучи.
Вдоль огородов за белой стеною погост.
В «Историко-статистическом описании церквей Переславского и Александровского уездов», составленном В.Г. Добронравовым в 1895 году, сообщалось, что «в пользу служащих в этой церкви внесено разными лицами в банк 5860 р., с которых получается процентов за поминовение усопших 245 рублей».
В 1829 году при Боголюбской церкви иждивением купцов города Александрова Михаила Матвеевича Каленова и Федора Николаевича Баранова, были построены приделы во имя великомученика Феодора Стратилата и святой великомученицы Варвары. Краевед Л.А. Банакин помнил, что ограда была украшена декоративной металлической решеткой, возведённой вокруг в начале XIX века. Эта ограда имела пять башенок и проездные ворота.
Престолов в церкви три, в честь Боголюбской иконы Божией Матери, в приделах во имя Федора Стратилата и святой великомученицы Варвары.
«Утварью, ризницей, святыми иконами и богослужебными книгами церковь снабжена достаточно.
Особого причта при ней не положено. Со дня освящения церкви богослужение отправляется соборным причтом, а в некоторых случаях и причтом Преображенской церкви.
В пользу служащих в этой церкви внесено разными лицами в банк 5860 руб., с которых получается процентов за поминовение усопших 245 руб.
Земли при церкви нет. Для Боголюбской церкви выбирали своего церковного старосту. С 1908 года им был потомственный почетный гражданин Николай Алексеевич Первушин. К 6 мая 1913 года за труды для церкви его Высочайше наградили серебряной медалью с надписью «за усердие» на Станиславской ленте для ношения на груди. К 1928 году старостой был Федор Дунаев. В ходе кампании по изъятию церковных ценностей 7 мая 1922 года в Боголюбскую церковь прибыла специальная комиссия. Изъятие происходило в присутствии церковного старосты Федора Дмитриевича Щенникова и представителей от верующих Анны Никитичны Лавровской, Лидии Григорьевны Михайловой и Ивана Васильевича Баркова. Члены комиссии отобрали ценности по списку из 28-ми пунктов. 24 предмета церковной ризницы верующим разрешили оставить в храме, взамен приняв серебро на их стоимость. Три предмета, имеющие художественную ценность, были отобраны для передачи в музей, потир 1829 года в стиле ампир, ризы с иконы Нерукотворного Спаса из алтаря над царскими вратами и с иконы Толгской Божией Матери из придела Федора Стратилата. В начале марта 1929 года власти закрыли Христорождественский собор, оставив верующим лишь Боголюбскую церковь. Но, изучив состав соборного духовенства, и убедившись, что оно придерживается тихоновского, патриаршего направления, александровские представители советской власти запретили служить и в Боголюбской церкви. Якобы «временно», до заключения нового договора с общиной. Но только уже с другой общиной, с обновленческой, то есть с раскольниками, сотрудничавшими с безбожной властью. К тому же обновленцы, имевшие свою базу, «епархию» в Преображенской Струнинской церкви, тоже в это время лишились храма, который был закрыт. В апреле 1929 года Боголюбская церковь города Александрова была зарегистрирована обновленческой, и ее причт возглавил бывший струнинский протоиерей, лже-епископ Алексий Рождественский. С ним переехал в Александров свой обновленческий штат. Служить с обновленцами согласились также священники, ранее державшиеся в стороне от раскола, протоиереи Петр Чернов и Петр Александровский, а также диакон Федор Антропов. Войти в обновленческую общину согласились немногие из прихожан. В подавляющем большинстве это были малограмотные люди, не только не разбиравшиеся в богословских вопросах и тонкостях церковной политики, но и не умевшие даже расписаться. Документы от их имени в государственные органы власти составляли весьма образованные лже-архиереи. Алексей Рождественский в 1929 году скончался, его преемниками на «Александровской кафедре» были обновленцы Александр Петрович Введенский, с октября 1929 года по март 1935 года, Софония Трофимович Яскевич с 20 октября 1935 года по март 1936 года и Николай Петрович Автономов с 27 апреля 1936 года.
В июне 1929 года Горсоветом к церкви был перенесен базар, и площадь у церкви получила название «Базарная». Ответственный за антирелигиозную работу в уезде представитель Союза Воинствующих Безбожников забил тревогу в местной газете «Голос труда», «попы будут всякими способами привлекать в церковь приезжающих крестьян». Срочно началась агитационная работа за закрытие церкви. В организациях, среди женщин и детей начали собирать подписи «за закрытие кладбищенской церкви». Предлагалось использовать ее здание под дом культуры, под техническую станцию, под столовую или общежитие. Подключили и Госстрах, с церковной общины стали требовать двойную сумму и без того немалой страховки. К концу года церковь была опечатана. Настоятель «архиепископ» Александр Введенский начал переписку с властями, настаивая на незаконности закрытия. 28 августа того же года Комиссия по вопросам культов при ВЦИКе решение Ивановского Облисполкома от 27 декабря 1930 года о закрытии, отменил.
Но, увы, церковь все же оставалась во власти «обновленцев», большинство из которых к тому же славилось невысоким уровнем нравственности.
В 1934 году были сняты для переливки «под нужды промышленности» 6 колоколов, в 310, 110, 41, 4, 2 и 2 пудов весом. Сам колокольный звон запретили еще ранее. В начале февраля 1936 года Ивановский Облисполком разрешил александровским властям разобрать здание колокольни. Сохранились фотоснимки момента взрыва. К октябрю 1936 года противникам обновленчества удалось добиться, несмотря на яростное сопротивление обновленцев, разрешения служить с ними совместно в Боголюбской церкви. Храм разделили, в одном из приделов служили «обновленцы», в другом, в свое время «староцерковники-тихоновцы», которых обновленческий «архиерей» Автономов в своих петициях обзывал «белопоповцами» и даже «иноверцами», донося об их «антисоветской агитации» в НКВД. С начала осени 1937 года начались аресты священнослужителей Боголюбской церкви, а также наиболее активных прихожан. По делу церково-монархической организации арестовывали и «староцерковников», священников Симона Ламского, отказавшихся от обновленчества Петра Александровского, Петра Чернова, инокинь Александры и Пелагеи Беловых, мирян А.С. Михеева, В.Л. Пугалова, П.Л. Евстигнеева, Ф. Н. Тутакина, М.С. Копеечкина, П.И. Кочурина, Т.Е. Сивяковой, и «обновленцев», священников Михаила Тархова и Т.И. Москалевой. Большинство из них вскоре расстреляли. К концу марта 1938 года был арестован назначенный на место осужденных священник Карп Родионович Загородный, его расстреляли 17 октября того же года. Оставшиеся в живых обновленцы, дававшие показания против своих сослуживцев, отказались от служения, перейдя на светскую работу. Под угрозой репрессий и члены церковного совета обновленческой общины в начале 1939 года подписалисоставленное для них заявление об отказе от здания Боголюбской церкви. Фактически богослужения прекратились ещё в 1938 году. А 10 марта 1939 года Президиум Ивановского Облисполкома по ходатайству Александровского Райисполкома подписал решение о закрытии Кладбищенской церкви в городе Александрове с тем, чтобы использовать ее «под культурные цели». В городе, да и во всем районе, не осталось ни одной действующей церкви.
В течение последующих 5-ти лет здание Боголюбской церкви, которую, отобрав у верующих, так и не стали использовать, было приведено в ужасное состояние.
Весной 1941 года было открыто новое кладбище в восточной части города, в районе современной «Правды», бывшего колхоза «Смычка». Однако, по словам бывшей сотрудницы госпиталя, находившегося в здании школы, получившей впоследствии номер пять, ещё во время Великой Отечественной войны на старом кладбище продолжали хоронить умерших в госпиталях.
В годы советской власти затоптали могилу первого председателя Александровского Совета рабочих и солдатских депутатов Г.Ф.Ануфриева, умершего в апреле 1919 года. Могила этого человека, в честь которого была названа одна из улиц Александрова, была примерно там, где сейчас находится новая колокольня. По словам В.В. Боравской, с 1940-х годов могильные плиты и памятники было разрешено разбирать, если не оказывалось родственников. По воспоминаниям очевидцев, часть плит с этого кладбища была увезена и использована в качестве фундамента для здания клуба фабрики имени Ф.И. Калинина и дома № 30 по ул. Ленина. Ф.Я. Шарафутдинова вспоминает, как она в детстве ходила с улицы Лесной на старое кладбище за керосином. Ларек располагался на том месте, где сейчас находится здание Опытно-методической экспедиции. Вокруг ларька были могилки, как ей казалось, маленьких детей. Окончательно кладбище было уничтожено в начале 1960-х годов, в период активной застройки этой стороны. Когда копали котлованы под Геохимическую экспедицию кости и черепа людей валялись на поверхности. С восточной стороны кладбища находился обрыв, там разрабатывали песчаный карьер, края кладбища осыпались и вновь на поверхности лежали останки людей. С 1944 года верующие города Александрова стали ходатайствовать об открытии Боголюбской церкви. Исполком горсовета на это не согласился, но они не отступали, подавая заявления и в 1945 году и в начале 1946 года. На запрос Уполномоченного Совета по делам РПЦ при Владимирском облисполкоме П.А. Сергиевского председатель Александровского Горисполкома Фролов в феврале 1946 года отвечал, «Церковь Боголюбивая расположена на окраине города на бывшем кладбище и в настоящее время разрушена, требует большого капитального ремонта и возбуждено ходатайство перед облисполкомом о сдаче под оборудование общежития для рабочих заводу 729». Завод 729, это радиозавод, а общежитие в церкви так и не было оборудовано. В феврале 1946 года, отказывая верующим в открытии церкви в городе Александрове, исполком Владимирского Облсовета депутатов трудящихся 3 апреля 1946 года ссылался в том числе на то, что по проведенной ими проверке «Боголюбовская церковь, сохранившаяся в стенах, в основании, совершенно разрушена внутри, пол уничтожен и засыпан песком, оконные рамы сняты и решетки вынуты, двери сняты, частично разрушены перекрытия, иконостаса и другого церковно-богослужебного инвентаря нет, отопление, центральное ,нуждается в ремонте, заготовленные для приведения в порядок и оборудования церковного здания различные материалы расхищены». Осмотрев Боголюбовскую церковь в июне 1946 года, Уполномоченный Совета по делам РПЦ при Совете Министров ССР по Владимирской области П.А. Сергиевский докладывал своему начальству в Москву, «Оказалось, что Боголюбовская церковь находится в стадии разрушения, которая с большим трудом допускает оставление такой руины в благоустроенном городе и верующие говорят, что они готовы были принять в молитвенное пользование эту разрушенную церковь, восстановить ее, не жалея средств…»
В конце концов, после неотступных ходатайств, в августе 1946 года верующим передали для богослужения Троицкий собор Успенского монастыря.
В середине 1990-х годов церковь передали Владимирской епархии. Началось восстановление утраченного облика церкви, в 1998 году была заново построена колокольня. Возобновились богослужения. Священниками Боголюбской церкви за эти годы были протоиерей Николай Ростовцев, иерей Николай Тихомиров, настоятелями протоиерей Борис Толкачёв и протоиерей Александр Шаповалов.
