Сохранилось описание закладки храма: «16 числа августа 1821 г., после ранней обедни, игумен Даниил, пришедши на назначенное для закладки место, и положа со всеми три земных поклона на восток, произнес: «да будет на месте сем благословение святыя пустыни Иордановы и всех там безмолствующих». После сих приснопамятных слов, о. игумен взял в руки лопатку и первый начал рыть окоп для церковного фундамента. Того же месяца, 18-го числа, после обедни, был из обители в скит малый крестный ход без звона. По пропетии молебна с водоосвящением, заложена в скиту церковь во имя Собора великого и славного Пророка, Предтечи и Крестителя Христова Иоанна, первого новоблагодатного пустынножителя; в основании церкви положена под престолом часть мощей сего Святого и день оный проведен в духовной радости и веселии».
Храм деревянный, построенный из леса, срубленного на этом же месте, при расчистке территории будущего скита. Через шесть месяцев храм был полностью окончен и снабжен необходимой утварью. Освящение совершил настоятель монастыря игумен Даниил 5 февраля 1822 г., торжественно с крестным ходом из обители.
По благословению святителя Филарета храм был устроен как «домовая для архиерейских приездов церковь». В западной части храма была устроена келия, в которой святитель останавливался во время своих посещений скита.
В 1863 г. новый скитоначальник преподобный старец Илларион приступил к осуществлению давнего плана — поднять Предтеченский храм, и переменить в нем два нижних подгнивших венца. Когда начались работы, многие духовные чада почившего в 1860 г. преподобного старца Макария изъявили желание почтить память его устройством в храме предела в честь его Ангела — преподобного Макария Великого. Устроить предел в западной «домовой» части храма оказалось невозможным, так как она и в длину и в ширину была слишком тесна для этого. Для этих целей в 1864 г. произвели перестройку храма следующим образом. Западная часть храма была совсем разобрана и заменена новою, более просторную и в длину и в ширину пристройкою. Все здание поднято на 5 четвертей (0,9 м) выше прежнего. Под всем строением подведен из кирпича новый фундамент с подвалами. Потолок, бывший в прежней западной «домовой» части ниже потолка самого храма, был поднят до одного с ним уровня. Это пристройка стала несколько длиннее и на 4 аршина (2,8 м) шире прежней. Именно в этой новой, более просторной, чем ранее пристройке, был устроен предел в честь преподобного Макария Великого. Алтарь предела располагался в юго-восточной части пристройки. В центральном пределе был установлен новый престол и жертвенник. По окончании работ, освящение главного престола совершил 29 августа 1864 г. настоятель обители преп. Исаакий, в праздник усекновения главы Иоанна Предтечи. Макарьевский предел освятил преосвященный Григорий, епископ Калужский 7 сентября 1864 г. в день кончины старца Макария.
Революция нарушила молитвенную жизнь скита. Уже в феврале 1918 г. в скит явился отряд красноармейцев, с целью изъять предполагавшееся здесь золото и серебро. Ничего подобного обнаружено не было, однако при осмотре и переписи было допущено осквернение святых сосудов «скверными, отлученными от Святой Церкви руками» (19 января 1918 г. святитель Тихон издал послание, в котором предал анафеме богоборцев, поднявших руку на церковные святыни и на служителей алтаря Божия). На следующий день после этого происшествия был отслужен молебен и освящены святыни и храм. Вскоре монастырь был преобразован в сельхозартель, а в скиту основан музей. Храм Иоанна Предтечи на многие годы был закрыт.
В 1988 г. в Оптиной Пустыни возобновилась монашеская жизнь. 18 марта 1990 г., в Неделю Крестопоклонную, митрополит Ростовский и Новочеркасский Владимир (ныне Блаженнейший митрополит Киевский), освятил Иоанно-Предтеченский храм. В 2002 г. стены храма расписаны. В храме совершается богослужение по особому скитскому уставу, с ночными службами.
