В патриарших окладных книгах в числе переславских церквей не упоминается Знаменской церкви, но так как ни одна из церквей не пропускалась в книгах, в которых делались отметки об уплате церковной дани в патриаршую казну, то Знаменская церковь должна там быть записанной, только под другим именем. В патриарших окладных книгах значится с 1628 года по 1746 год не существующая ныне в Переславле церковь в честь Рождества Иоанна Предтечи. Но некоторые из церквей, бывших в Переславле в XVII веке и ныне не существующих, напоминают о себе в виде приделов при церквах, в которых главный престол уже иной, так, например, святого апостола Филиппа при Успенской церкви, Козьмы и Дамиана при Рождество-Богородицкой церкви. Если теперь принять во внимание, что только в Знаменской церкви издревле существует придел в честь Рождества Иоанна Предтечи, то с достаточным основанием можно предположить, что под церковью Рождества Иоанна Предтечи нужно разуметь нынешнюю Знаменскую церковь. О существовании же церкви в честь Рождества Иоанна Предтечи известно и ранее XVII века. Так, в житии преподобного Даниила Переславского рассказывается, что преподобный ходатайствовал пред великим князем Иоанном Васильевичем IV о возобновлении обветшавшей церкви Рождества Иоанна Предтечи, следовательно, церковь существовала ещё в начале XVI века и тогда была уже ветхой. В XVII веке она платила дани в патриаршую казну в 1628 году четыре алтына с деньгою, а в 1653 году 1 рубль 2 алтына 2 деньги.
Во время Петра Великого и после его в Переславле известна церковь Знамения Пресвятой Богородицы, что «при кораблях». Название это объясняют или тем, что близ этой церкви была верфь, на которой строилась Переславская флотилия, или здесь на берегу хранились корабли после того, когда Пётр Великий оставил уже Переславль.
Но как бы то ни было, в начале XVIII века в Переславле была уже Знаменская церковь, которую патриаршие, а затем синодальные книги продолжали именовать до 1746 года по-прежнему, Рождества Иоанна Предтечи. Эта церковь была деревянная, в 1788 году вместо этой деревянной церкви «вкладчицей вдовой майоршей Анной Ивановой Масловой» построен существующий ныне каменный храм. Наружный вид церкви и внутренние украшения со времени постройки значительно изменились. Престолов в ней в настоящее время два, в холодной в честь Знамения Пресвятой Богородицы, в приделе тёплом в честь Рождества Иоанна Предтечи. Утварью, ризницей, святыми иконами и богослужебными книгами церковь снабжена достаточно. На некоторых святых иконах серебряные вызолоченные ризы и жемчужные украшения.
Церковные документы хранятся в целости, копии с метрических книг с 1795 года, исповедные росписи с 1800 года. Особый причт при церкви существует с 1879 года и состоит из священника и псаломщика. На содержание его получается, процентов с причтового капитала 321 р. 88 к., от служб и требоисправлений 247 р., арендной платы с церковной лавки 51 р., всего до 620 р. в год. Для причта имеются церковные дома. Земли при церкви, усадебной 458,5 сажен, кроме этого, ещё 300 сажен, при церкви, но документов на эту землю нет, в 1882 году куплено ещё 483 кв. сажени, купчая крепость на неё есть. На ремонт церковных домов есть капитал 1 000 р. Церкви принадлежит деревянная лавка, отдаваемая в аренду за 102 р. в год. В приходе по клировым ведомостям числится 43 души мужского пола и 45 женского, все православные. При церкви с 1863 года существует церковно-приходская школа, учащихся в 1893 году было 25.
Закрыта церковб в 1929 году, сломана в 1935 году, на её фундаменте построен винный магазин. В 1998 году магазин разобрали. На старом месте выстроена новая Знаменская церковь, освящённая в 2004 года. Современный храм возведён в русском стиле, состоит из пятиглавого четверика, трапезной и шатровой колокольни. Второй престол Царя-Страстотерпца и Новомучеников Российских.
