Музей основан в 1918 году, открыт для посещений 28 мая 1919 года. Сегодня в его собрании около 95 000 экспонатов, уникальная коллекция деревянной скульптуры, древнерусская иконопись, сокровища монастырских ризниц, предметы крестьянского обихода и дворянского быта. В ведении музея самый древний архитектурный памятник Центральной России – Спасо-Преображенский собор XII века. Филиалы музея усадьба «Ботик Петра I», где хранится борт «Фортуна» из «потешной флотилии» Петра I, и «Усадьба Ганшиных», единственное место в Ярославской области, связанная с именем В.И. Ленина. Ежегодно музей посещают более 200 тысяч человек. Музей проводит экскурсии по выставкам и по городу, игровые и историко-художественные программы на любой вкус и возраст. Ежегодные музейные праздники: «Рождество в музее, «Ночь в музее», Остров детства», «Российскому флоту быть!», собирают тысячи гостей.
