Тёплая Благовещенская церковь с трапезной была устроена, как и Никитский собор, усердием царя Иоанна Грозного. Видимо строилась она несколькими годами позднее, чем соборный храм. В писцовых книгах 1629-30 годов о ней говорится так, «Другая церковь теплая с трапезою камена Благовещения Пресвятыя Богородицы, да придел Феодора Стратилата». Под трапезной располагались хлебня и поварня, а под ними находились ещё и погреба.
За несколько веков своего существования Благовещенский храм претерпел существенные изменения. Придел во имя преподобного Иоанна Лествичника упразднили и на месте его устроили ризницу. Придел во имя великомученика Феодора Стратилата также был «нарушен», а впоследствии его переосвятили во имя святого Николая Чудотворца, ныне он отделён от основного храма двумя арками. Трапезную уменьшили вдвое и в отгороженной части сделали настоятельские покои. Предположительно, в этих палатах останавливался Пётр I во время первого своего приезда в Переславль на Плещеево озеро. К трапезной палате примыкает шатровая восьмигранная колокольня 1668 года постройки. Эта колокольня, выстроенная при царе Иоанне Грозном, сильно пострадавшая во время осады монастыря поляками в 1611 году, заново отстраивается в 1668 году на средства царя Алексея Михайловича и его супруги Марии Ильиничны. Неоднократно подвергался переделкам и иконостас храма. «Исконный» иконостас просуществовал, скорее всего вплоть до 1766 года, когда его заменили новым, в «новом» же вкусе. В 1809 году последовало ещё одно обновление иконостаса.
Описывая в 1878 году Никитский монастырь, историк А. И. Свирелин говорит, что иконостас Благовещенского храм «не представляет интереса в археологическом отношении». «Осталась, — пишет он, — только храмовая икона Благовещения Пресвятыя Богородицы, пожертвованная в 1696 году архимандритом Чудовского монастыря Арсением». В 1870-е годы на средства благотворителей в Благовещенском храме выложили мозаичный пол, а в Никольском приделе устроили новый дубовый иконостас. Стены церкви примерно в это же время украсили росписями. Крыша на Благовещенском храме оставалась деревянной гораздо дольше, чем на Никитском соборе. Лишь в 1851 году храм покрыли железом. В советское время храм сильно пострадал, поскольку в нём всегда кто-то располагался. Так, в 1977 году, когда в обители находилась автошкола, здесь случился сильный пожар. Он уничтожил все деревянные конструкции храма, пол, стропила, рамы, обрешётку, а металлические связи вследствие действия огня оборвались. По стенам и своду пошли сквозные трещины. Реставраторы, работавшие в монастыре в 1960-70-х годах, стремились превратить его в туристический, культурный центр «Золотого Кольца» России. Но после обрушения центрального купола Никитского собора в 1984 году интерес советских руководителей к монастырю пропал, и собор, как и Благовещенская церковь, был брошен на произвол судьбы, подвергаясь неумолимому разрушительному действию внешних стихий.
В декабре 1993 года монастырь вновь был открыт. Печальное зрелище предстало перед насельниками и реставраторами, пришедшими восстанавливать древнюю обитель. С Божьей помощью началась реставрация зданий и обустройство территории. Всеми этими работами руководил наместник монастыря, до 1999 года, епископ Анатолий Аксёнов. Что касается Благовещенской церкви, то она была отреставрирована в 1999-м году при бдительном наблюдении архимандрита Никитского монастыря Димитрия Храмцова. В 2000 году по благословению патриарха Алексия II мощи убитого в ночь на 24 мая 1186 года рабойниками Никиты Столпника были извлечены из земли, был похоронен вблизи монастыря и тожественно перенесены в отреставрированный Благовещенский, действующий на то время храм, где они и поныне хранятся вместе с его веригами, большими и малыми. Сейчас храм полностью восстановлен и вновь в нём проходят Богослужения.
