Первое упоминание о Борисоглебских колоколах появляются в монастырских летописях 1566 года, когда царь Иван Грозный пожаловал Борисо-Глебской обители колокол в 138 пудов. Этот колокол был самым большим на звоннице, покуда в 1758 году «на сумму монастырскую» не был отлит колокол в 261 пуд. Колокольный набор на звоннице менялся: случалось, колокола разбивались, их переливали на новые. Так, в 1817 году колокол Ивана Грозного дал трещину и «по неспособности его ко звону» был перелит с прибавкой новой меди.
К началу ХХ века на звоннице находилось 9 колоколов, из них самым большим оставался колокол в 261 пуд. В 1913 году борисоглебские крестьяне обратились к настоятелю монастыря архимандриту Власию с просьбой разрешить им сбор средств для отливки нового колокола, который бы своими размерами и звуком соответствовал духу и величию обители. Собирали деньги всем миром, немалую сумму внесли санкт-петербургские купцы Александр Иванович Улыбин и Василий Иванович Черепенников, а также архимандрит Власий. Колокол весом 606 пудов отливался в Ярославле на заводе купцов Оловянишниковых. Его торжественное поднятие состоялось 13 октября 1913 года. Чин освящения совершил архиепископ Ярославский и Ростовский, впоследствии Патриарх Московский и всея Руси, Тихон Беллавин.
После революции начались реквизиции церковных ценностей. Снимали и колокола. В Борисоглебский монастырь представители треста «Рудметаллторг» прибыли для этого в октябре 1929 года. Старожилы вспоминали, что за несколько дней до снятия колоколов монастырские ворота закрыли, приставив к ним вооружённую охрану. Сброшенные на землю колокола разбивали, для приведения лома в транспортабельное состояние. К концу 1930-х годов в России погибло 99% колоколов. Перестали работать колоколитейные заводы, были утрачены знания и навыки звонарей.
Первый звон колоколов после почти шестидесятилетнего перерыва борисоглебцы услышали в августе 1988 года. Тогда на звонницу подняли 18 старинных колоколов, собранных работниками Борисоглебского филиала Ростовского музея по сёлам и деревням района. Звон этих колоколов сопровождал первую службу во вновь открывшемся в 1989 году Борисоглебском соборе и провожал первый Иринарховский крестный ход в 1997 году. После снятия этих колоколов со звонницы в январе 2009 года их переместили в запасники Ростовского музея. К Пасхе 2009 года на звонницу обители подняли десять новых колоколов, отлитых в городе Тутаеве на заводе мастера Николая Шувалова. Самый большой колокол весит 5200 кг. Этот набор является даром монастырю московских предпринимателей и меценатов братьев Ананьевых в память 645-летия Борисоглебской обители. Теперь в утренней тиши разносятся по Борисоглебу тихие звуки благовеста. «Здесь колокол и тишина — два путника, несущих крест. Не страх земной из недр огня, а дар, полученный с небес!» В июне 2009 года на звоннице был восстановлен и часозвон. А в 2010-м в нише между арочными пролётами верхнего яруса иконописец Елена Лавриненко заново написала фреску «Иоанн Креситель — Ангел пустыни».
