Зачатьевская церковь построена в 1686 году. Первоначальный интерьер каменного храма, воздвигнутого митрополитом Ионой в честь Святой Троицы в качестве собора Яковлевского монастыря, был расписан в 1689-1690 годах ярославскими мастерами, возможно во главе с Дмитрием Григорьевым Плехановым. Система росписи в основном повторяла иконографические приемы, уже сложившиеся в 1670-1680 годах в митрополичьих храмах Ростова. Стены были разбиты на 5 ярусов. В четырех нижних иллюстрировалась земная жизнь Христа, преимущественно по Евангелию от Матфея. В углу храма, в нижнем ярусе, там, где стояла гробница св. Иакова Ростовского, были добавлены сцены рождества и преставления основателя монастыря. Храмовый ярус с сюжетами из истории Святой Троицы занимал верхние люнеты стен. На сводах располагались праздники, а на алтарной преграде прямо на стене был написан иконостас. Колорит росписи выдержан в характерной для Д.Г. Плеханова зеленовато-охристой гамме. Отдельные клейма безупречны по пропорциям, отличаются сугубым схематизмом построения. Слева обычно располагается группа апостолов, а справа Христос, совершающий то или иное чудо. На столбах написаны монументальные фигуры мучеников, на нижних подпружных арках огромные красные херувимы, а на верхних фигуры апостолов. Необычна для ростовских храмов система росписи алтаря, более близкая к ярославским традициям. В конхе жертвенника вместо традиционного «Великого входа» и «Агнца в потире» написана «Похвала Богоматери». В конхе дьяконника вместо «Семи таинств» гигантская полуфигура Саваофа, благословляющего двумя руками. На стене алтаря, там, где обычно в ростовских храмах помещается композиция «Почи Бог», написана «София Премудрость Божия» и «Преломление хлеба апостолом Петром». На столбах, входящих в состав каменной алтарной преграды, и на выступах алтарных апсид в крупных медальонах помещены погрудные изображения прославленных деятелей вселенской и русской церкви, Григория епископа Армении, Стефана Сурожского, Григория Неокесарийского, Дионисия Ареопагита, Дионисия архимандрита Радонежского, Амфилохия Иконийского и другие. Значительная часть высокого помещения алтаря посвящена циклу «Страстей Христовых». Дьяконник отделен от основного помещения алтаря невысокой каменной преградой, на западной стороне которой написано, «Древо Иессеево», а на восточной «Богоматерь Знамение». В апсиде дьяконника написаны архидьяконы, а в центральном алтаре вселенские святители и патриархи. В 1778 году артель ростовских иконописцев во главе с Андреем Матвеевым поновила живопись в Зачатьевском храме. Реставрация росписи была проведена под наблюдением и при участии иеромонаха Амфилохия, уроженца Ростова, который в 1770-х годах по указу Екатерины II реставрировал соборы Московского Кремля, а впоследствии стал широко известен своей подвижнической аскезой. Гробовой монах Амфилохий похоронен на паперти Зачатьевской церкви рядом со своим не менее знаменитым племянником архимандритом монастыря Иннокентием. В 1761-1764 годах осташковские резчики Сысой Изотов Шоломотов и Степан Никитин Бочкарев сделали великолепный 5-ярусный иконостас церкви, заслонивший первоначальный написанный на стене иконостас Ионы Сысоевича. Сильно раскрепованный и украшенный полукруглыми фронтонами, витыми колоннами, виноградными гроздьями и головками херувимов, иконостас принадлежит к числу лучших произведений монументальной резьбы в стиле русского барокко. Иконостас заканчивается эффектной и динамичной группой «Вознесения», где возносящийся Христос изображен со знаменем на фоне клубящихся облаков и летящих ангелов. В 1776-1779 годах иконостас был позолочен крестьянином с. Покровского Иваном Даниловым Сантеевым. Им же были сделаны и не дошедшие до нас резные сени над гробницами св. Иакова и св. Димитрия Ростовского. Иконы для иконостаса в типичной для барокко манере написал в 1780 году придворный живописец Екатерины II Венедикт Вендерский. Среди храмовой утвари, хранящейся в фондах Ростовского музея, серебряная рака св. Димитрия Ростовского с надписью, сочиненной М. В. Ломоносовым, вклад императрицы Елизаветы Петровны. В ХIХ веке была выполнена наружная роспись на фронтонах паперти Зачатьевской и примыкающей к ней Яковлевской церкви. Фигуры Христа, Иакова и Димитрия написаны в 1826 году ростовским иконописцем Н. Д. Гладковым, а клейма с изображением «Зачатия святой Анны» и «Святой Троицы» в 1827 году монастырским художником В.А. Птишниковым.
Собор Анны праведной Зачатия в Спасо-Яковлевском Димитриевском монастыре в Ростове Великом