В 1693 году ярославский купец Иван Кемский на свои деньги повелел выстроить два храма на противоположных берегах Волги, во имя святых преподобных Зосимы и Савватия и Вознесенско-Благовещенский, которые как маяки соединяли переправу через Волгу. Путь через Зосимо-Савватиевский храм шел из Ярославля на Север в Кострому, Вологду и дальше. Каждый путешественник считал своим долгом зайти в храм. Известно, что храм посещали государь император Николай I в своей поездке в Кострому и писатель М.Ю. Лермонтов. А в 1771 году на средства прихожан рядом с храмом прпп. Зосимы и Савватия была построена еще одна каменная летняя церковь во имя Живоначальной Троицы с двумя приделами, Ильи Пророка и Николая Чудотворца.
В 30-х годы ХХ столетия, когда шло тотальное наступление на Русскую Православную Церковь, большой храмовый комплекс закрыли, затем Троицкую церковь варварски разрушили до основания. Церковь Зосимы и Савватия чудом уцелела, хотя и пострадала от рук вандалов. Здесь были различные мастерские, затем прачечная, и, в конечном итоге, к 80-м годам ХХ века храм остался в запустении и был превращен в развалины.
В 1998 году Ярославской епархии были переданы руины церкви святых преподобных Зосимы и Савватия, Соловецких чудотворцев, единственного храма в епархии, посвященного святым Крайнего Севера. В 2002 году рядом с храмом была обустроена и освящена одноименная часовня во имя преподобных Зосимы и Савватия. В ней 7 января 2011 года было совершено первое Рождественское богослужение.
В конце 2008 года начались реставрационные работы храма. Его поднимали буквально из руин. Тогда здания очень отдаленно напоминали церковь, а звонница была разрушена до основания. Были выполнены основные работы по укреплению фундамента, сводов, обновлена кровля, восстановлена колокольня, установлены купола. Среди многих ярославских колоколен она выделяется необычным архитектурным решением, широкий восьмерик, над ним аркады и еще один восьмерик поменьше, который венчает небольшой шатер. Однако на этом ремонтно-реставрационные работы не завершены. Усиленными темпами ведется внутренняя отделка храма, работы по подведению необходимых коммуникаций, стационарного газового отопления и электроэнергии.
24 апреля 2011 года, в День Светлого Христова Воскресения, на Пасху Христову, состоялась первая служба в храме. С этого времени в нем богослужения стали совершаться регулярно.
По благословению Митрополита Ярославского и Ростовского Пантелеимона в 2012 году церкви Зосимы и Савватия придан статус регионального Морского храма. Ярославское отделение Всероссийского движения поддержки военно-морского флота около храма Соловецких чудотворцев решило построить мемориал погибшим морякам-ярославцам и увековечить память святого праведника Феодора Ушакова большой ростовой иконой на этом мемориале.
