18 мая 1820 года были заложены первые камни в основание Покровской церкви, а в 1821 году строительство зимней одноглавой церкви было завершено. С 1827 года начата роспись храма Тимофеем Медведевым. 21 июля 1828 года Архиепископом Ярославским и Ростовским Авраамием церковь в честь Покрова Пресвятой Богородицы была освящена. Над Святыми воротами, примыкавшими к церкви, в 1828 году возведена 60-метровая четырехъярусная колокольня.
В июле 1918 года во время подавления белогвардейского восстания в Ярославле при артиллерийском обстреле колокольня была разрушена. После закрытия монастыря Покровский храм оставался открытым как приходской в течение трех лет. В сентябре 1921 года храм закрыли, иконостас, киоты, три престола, три жертвенника сожгли. В советское время в здании храма располагались библиотека, планетарий, средняя школа «Провинциальный колледж».
В мае 2011 года здание было передано обители. В июле того же года начались масштабные ремонтные работы, связанные с разбором железобетонных конструкций купола, стен, перекрытий. При этом обнаружились чудесным образом сохранившиеся фрески конца XIX в.
13-14 октября 2012 года в храме в честь Покрова Пресвятой Богородицы отслужены первые всенощная и Божественная литургия. В 2016 году для иконостаса храма изготовлены резные Царские врата. А в 2017 году начато исполнение резных деталей самого иконостаса.
