Никитский храм был устроен не позднее рубежа XV-XVI в.в. В грамоте великого князя Василия Ивановича от 9 августа 1511 г. о пожаловании архимандрита Спасского монастыря Ионы с братией пустым местом на можжевельнике подле Киселёвой слободы впервые упоминается и Никитская слобода. Это служит основанием для утверждения, что церковь, давшая название поселению, к этому времени существовала достаточно давно, и топоним мог использоваться в документах уже без каких-либо оговорок.
Каменная церковь Никитского прихода была построена в 1640-х г.г. иждивением подьячего Афанасия Холмова, в 1647 г. ее главный престол освятили во имя Михаила Архангела, придел во имя великомученика Никиты. В книге «Церкви Ярославля в 1781 году» указывается, что Никитский храм не был расписан. В 1920-х г.г. ярославские реставраторы, обследовавшие церковь после ее закрытия, отметили особенность живописного иконостаса холодной церкви, он был написан на гладкой алтарной стене «во всем его целом, без всяких архитектурных дополнений». В 1836 г. иконостас поновляли клеевыми красками «итальянской живописью», позднее к нему приставили новый, вырезанный из дерева. В Никитской церкви местночтимыми являлись иконы Богоматери Черниговской Ильинской и Тихвинской. В её ризнице хранился напрестольный крест со святыми мощами ростовских чудотворцев Леонтия, Исайи, Игнатия, Авраамия, а так же ярославских святых князей Феодора, Давида и Константина. Татьяна Львовна Васильева проследила судьбу образа Богоматери Черниговской до 1935 г. Икона после закрытия Никитского храма в 1929 г. оказалась в Ярославском отделении Центральных государственных реставрационных мастерских, где ее признали имеющей музейное значение и передали, скорее всего, в художественный музей. В любом случае, единственная имеющаяся в фондах икона под таким названием, схожими размерами, в 1935 г. была определена на списание сотрудником Государственной Третьяковской галереи Н.Е. Силиной и дальнейшая ее судьба не известна. По замечанию Т.Л. Васильевой, икона Богоматери Черниговской датирована 1711 годом, возможно, попала в Ярославль после опустошительного пожара и ей особо поклонялись горожане при закладке нового дома. Отдельно стоявшая теплая церковь Сретения Господня с алтарным приделом Успения Богоматери была освящена в 1670 г., в 1806-м расписана ярославским мастером Дмитрием Ивановым Сарафанниковым. К концу XIX столетия теплый храм сильно обветшал и стал мал для растущего прихода. «Ярославские епархиальные ведомости» писали о состоянии церкви, «известно, что богомольцев в приходских храмах летом бывает менее, чем зимой, а потому летний Никитский храм при незначительной вместимости был достаточен для прихода, но нельзя сказать того же о зимнем храме». Зимой богомольцев, «преимущественно бедняков», в храме собиралось множество, и при таком «многолюдстве, особенно в праздники свечи не могли гореть при недостатке воздуха, со стен и потолка текло и капало всюду». Автор с горечью отмечал, что в таких условиях трудно было ожидать от прихожан молитвенного настроения. Сначала прихожане решили расширить летнюю церковь, превратив ее в теплую, но члены Ярославской археологической комиссии не разрешили эту перестройку «по причине архитектурной ценности» памятника. К обновлению же зимнего храма местные специалисты препятствий не увидели, поскольку от его прежнего вида мало что осталось, «Живопись новая, стены выкрашены масляной краской, иконостас позднейший». Протоиерей Николай Крылов и церковный староста К.А. Белозеров задались целью соорудить новый храм, не причиняя неудобств прихожанам. По совету архитекторов было задумано поставить просторную церковь поверх старой теплой, временно не ломая ее. Строительство требовало не малых средств, а в церковной кассе имелось всего тысяча рублей, но уже на закладке храма 9 июня 1900 г. прихожане выразили желание участвовать в богоугодном деле посильными жертвами. Этот пример свидетельствует о том, что ярославская традиция сооружения приходской церкви «всем миром» к началу XX в. не пресеклась. Так, сохранились сведения об одной бедной вдове, которая из своего небольшого содержания подала «на доброе дело» 25 руб. Сам К.А. Белозеров, увлекшись работой, не жалел на строительство ни своего времени, ни личных средств. Возведение храма пошло быстро, старая церковь уже помещалась в новой, как в футляре, но отправление служб в ней не прекращалось. Наконец в мае 1902 года стали разбирать старые стены и своды, алтарь и иконостас остались прежними. Строительство церкви обошлось более чем в 50 000 руб., и «храм вышел величественный». Церковь освятили 20 октября 1902 г., но работы по ее устройству продолжались, к 1905 г. теплую церковь украсили живописью, а 16 октября ее освятили вновь. Посвящение престолов в зимнем храме, как свидетельствуют церковные ведомости за 1904-1906 г.г., стало другим, главный освятили во имя великомученика Никиты, придельный в честь праздника Сретения Господня. Это единственный случай в Ярославле, когда в приходе два престола, в летнем и зимнем храмах, имели одинаковые наименование. Память о прежнем посвящении придела в теплой церкви во имя Успения Богоматери сохранилась в совершении престольного праздника 15 августа. В Никитской церкви происходило отпевание митрополита Агафангела, 3 октября 1928 г. двенадцать ударов тридцати ярославских храмов возвестили о кончине святителя. Трагическое известие всколыхнуло весь православный Ярославль. Очевидец событий протоиерей Сергий Лилеев рассказал, как горожане прощались с владыкой, «В воскресенье по всему городу литургии были совершены раньше обычного, ввиду представшего в восемь часов утра богослужения у гроба митрополита. После литургии были произнесены во всех храмах поучения о почившем владыке и совершены панихиды. Благовест к литургии в Никитской церкви начался в восемь часов. В половине девятого прибыли архиепископы Варлаам Ряшенцев и Павел Борисовский и началась литургия». Храм святого великомученика Никиты вмещает до четырех тысяч народа, протоиерей ошибся, церковное здание было меньшей вместимости, но он и пятой части пришедших на отпевание не мог вместить. В сослужении двух архиепископов было восемнадцать священников, а на отпевание вышло пятьдесят священников, больше двадцати диаконов. По прочтении Евангелия архиепископ Павел произнес слово о величии личности почившего. По запричастном стихе слово произнес пресвитер московского Успенского собора, исправляющий обязанности священника ярославской Иоанно-Златоустовской церкви о. Владимир Градусов, будущий архиепископ Ярославский и Ростовский Димитрий. По окончании литургии слово о личности почившего произнес архиепископ Варлаам Ряшенцев. Началось отпевание. Чувствовалось какое-то особенное настроение, похожее на светлое, пасхальное. Был уже четвертый час вечера, а народ все прибывал и прибывал. Около четырех часов гроб с телом вынесли из храма, хоругвеносцы окружили его и двинулась торжественная похоронная процессия, крестный ход вокруг храма, далее на леонтьевское кладбище. По всему городу, по всем церквам начался торжественный красный звон. Народу было так много, что по улицам трудно было проехать. На пути к кладбищу останавливались не менее десяти раз для совершения заупокойных литий». В 1929 г. по решению городских властей Никитский приход ликвидировали, а холодную церковь предназначили к сносу. Сотрудники Ярославской реставрационной мастерской провели перед разборкой частичную фиксацию памятника: была составлена иконография стенописей, зарисовано «расположение клейм иконостаса», сняты живописные композиции общей площадью около 10 кв. м. Летнюю церковь Михаила Архангела разобрали в 1929 г., а теплый храм лишился главы. Достопримечательностью Никитского ансамбля являлась колокольня XVII в., ярусы которой были украшены угловыми главками из белого камня, их сняли в конце XIX столетия. Высокая колокольня считалась началом координат для геодезических съемок в Ярославле, находилась под «строжайшей охраной» и поэтому сносу не подлежала. Зимний храм эксплуатировали нещадно, его использовали под производственные цели. Арендаторы, руководствуясь только своими нуждами, изуродовали церковное здание до неузнаваемости. Достаточно сказать, что в пристройке за алтарной частью храма долгое время работал кузнечный молот. В 1997 г. теплая Сретенская церковь и колокольня Никитского прихода были возвращены Русской Православной Церкви. Оба здания, зажатые со всех сторон хозяйственными строениями, находились в тяжёлом состоянии, тем не менее 28 сентября состоялась первая служба. Нынешний настоятель храма, с 2003 г., протоиерей Игорь Анатольевич Клоков подчеркивает, что наиболее тяжёлые работы по возрождению здания выпали на долю его предшественника, иерея Андрея Игоревича Мальцева, восстановление алтаря, закладка проломов в северной и южной стенах четверика, разборка внутренних капитальных перегородок в трапезной части. Большую помощь в восстановлении храма тогда оказывал начальник СУ-2 «Ярнефтехимстроя» Виктор Николаевич Чарушкин, но главная поддержка, как и сто лет назад, шла от прихожан. Только к престольному празднику в 2006 г. стало возможно разобрать стену между четвериком и трапезной частью храм обрёл свой первоначальный объем, а после восстановления фронтонов, крыши и барабана и прежний внешний облик. В 2008 г. в Великую Среду архиепископ Кирилл освятил крест на новой главе. Восстановительный работы продолжаются, в 2005 г. Никитскому храму передали пристройку к южной стене, кстати, владелец размещавшегося в ней столярного производства Олег Смирнов помогал в благоустройстве церкви. В 2011 г. сделан пол.
