Первые упоминания о Похвальской церкви относятся к началу XVII столетия. Из «Сказания об иконе Казанской Богоматери и основании Казанского монастыря», повествующем о событиях «смутного времени», следует, что в 1609 г. ярославский земский староста Василий Лыткин с братом Третьяком перенес выкупленный у поляков «чудотворный образ Пречистыя Богородицы в церковь, честныя Ея Похвалы, во своем приходе, зовомом Дмитриевском, на посаде, в Занетечке». Деревянный храм Похвалы Богородицы в I-ой пол. XVII в. был двухалтарным. О втором престоле св. Георгия сообщает «Благословенная грамота» ростовского митрополита Варлаама, датируемая 1645 годом. В этой грамоте, адресованной священнику Дмитриевского прихода идет речь о разборке старой Похвальской церкви и подготовке участка для нового церковного строительства. «В нынешнем году апреля в КЕ день, писал митрополит, бил нам челом ты поп Иван да Третьяк Лыткин и все дмитриевские прихожане, чтоб нам благословить по вашему обещанию в Ярославле в приходе страстотерпца Христова Димитрия старую церковь, два престола, престол Похвалы Пречистой Богородицы, да престол страстотерпца Христова Георгия разобрать и на том же месте сделать новую церковь… И как к тебе ся наша грамота придет, и ты б поп Иван…, тое старую церковь велел разобрать и во едино место скласти и огородить и…, новую церковь, а в ней два престола престол Похвалы Пречистые Богородицы, да престол страстотерпца Христова Георгия велел обложить на старом церковном месте». Из книги Е. Черняева и В. Шилова «Церковь Дмитрия Солунского в Ярославле», «Здесь, на берегу Нетечи, на средства служилой аристократии, скорее всего в самом начале XVI в., в память о погибших в сражениях и скончавшихся от ран воинах были поставлены два деревянных храма, церковь Димитрия Солунского и церковь Похвалы Богоматери с приделом Георгия Победоносца. Посвящение придела Похвальского храма святому мученику в контексте общей идейной программы вновь образованного прихода выглядит вполне логичным. Почитание св. Георгия в воинской среде было столь же распространенным явлением, как и почитание св. Димитрия. Поскольку в 1463 г. договорная грамота между Иваном III и ярославским князем Александром Федоровичем подвела черту под формальным суверенитетом Ярославского княжества, небесный покровитель московской державы великомученик Георгий Победоносец стал покровителем и ярославских князей, принимавших в XV-XVI в.в. активное участие во всех военных мероприятиях московских государей. Не простояв и двадцати лет, новый деревянный храм погиб в огне «великого» ярославского пожара 1658 г. Через год на пепелище начались работы по возведению церкви Похвалы Божией Матери. На восстановление второго приходского храма средств долгое время не было. Место, где стояло сгоревшее церковное сооружение, пустовало до начала 1670-х г.г. В 1671 г. священник прихода Иоаникий, в прошлом дьякон Аникей, обратился к митрополиту ростовскому Ионе с просьбой разрешить постройку «для службы божественные» каменной церкви «во имя пресвятые Богородицы честного Ея Одигитрия с пределы Дмитрия Солунского и Георгия». Разрешение было получено, и летом того же года артель строителей из имевшегося в ее распоряжении кирпича вывела стены здания до сводов. На завершение работ материалов, однако, не хватило. Посоветовавшись с прихожанами, Иоаникий попросил помощи у царя Алексея Михайловича и получил из Москвы разрешение на использование при достройке храма кирпича, оставшегося от строительства городских башен. В царской грамоте, посланной на имя ярославского воеводы, эта история представляется так, «…Бил челом нам Великому Государю великомученика Димитрия поп Иоаникей: по нашему де… указу и за чудеса пречистые Богородицы честного и славного Ея Одигитрия, велено в Ярославле поставить церковь каменную пречистые Богородицы и святых великомученик Димитрея и Егория, он де поп Иоаникей тое церкви стены и олтари и паперти довел до половины, а довершить де и покрыть их нечем, а есть де в Ярославле у городовой стены и у башен наш Великого Государя кирпич, лежит уже десятый месяц и даром пропадает. И нам бы … пожаловать ево попа, дать того городового остаточного кирпичю на совершение тое церкви… И как к вам ся наша Великого Государя грамота придет, и вы б тое церковную недоделку велели подмастерьям сметать, сколько к тому церковному строению на доделку кирпичю надобно; да… остатки после городового дела кирпич половинник… велели отдать к тому церковному строению, а смет… отослали… к Москве». Полученный кирпич, сто тысяч брусков и половинок, или 955 возов, с 20 января по 15 февраля 1672 г. городскими и деревенскими извозчиками был доставлен к незавершенному храму. Строительные работы возобновились, и летом 1673 года Иоаникий в челобитной уже просил митрополита Иону «о дозволении освятить новопостроенную церковь». «… По твоему, государь, архиерейскому благословению и по грамоте, писал Иоаникий, состроил я богомолец твой в Ярославле церковь каменную во имя пресвятыя Владычицы нашей Богородицы и Преснодевы Марии честного и славного Ея Одигитрии, прозванием Смоленская и Шуйская, а праздник Ея июля в КИ день, а та церковь и с приделы святых великомученик Димитрия Солунского и Георгия Победоносца еще не освящена, а состроена вся и с колокольнею каменною же… прикажи, государь, ту церковь и с приделы освятить». Икона Богоматери Смоленской и Шуйской, в честь которой освятили главный алтарь нового храма, прославилась чудесами и исцелениями в 1654 г. По церковному преданию, данный иконографический вариант Одигитрии был создан шуйскими иконописцами в ознаменование окончания морового поветрия. После канонизации образа на церковном соборе 1667 г. списки с иконы Богоматери Смоленской и Шуйской получили распространение и в других городах, пострадавших от эпидемии. Появление в Дмитриевском приходе нового алтаря, напоминавшего своим посвящением о трагических событиях двадцатилетней давности, по всей видимости, было продиктовано желанием прихожан совершать заупокойные молитвы по умершим от чумы родственникам. Деревянная церковь Похвалы Богоматери простояла на приходском участке до конца 1670-х г.г. В марте 1677 г. на просьбу Иоаникия разрешить строительство новой теплой каменной церкви митрополит Иона ответил согласием. Возведенная, скорее всего, летом того же года Похвальская церковь в последствие неоднократно перестраивалась. В 1835 г. церковь Похвалы Богоматери была украшена живописью. В числе крупнейших вкладчиков в казну Дмитриевского прихода в конце XIX — начале XX в.в. письменные источники называют ярославских купцов Николая Максимовича Кузнецова и Спиридона Анисимовича Полетаева. На средства Кузнецова у церковной ограды в 1891 г. была возведена каменная сторожка, а в 1902 г. Кузнецов в Похвальской церкви «вместо ветхого иконостаса устроил новый, вызолотил оный, украсил стены и своды живописью и уборкою в древнем вкусе, устроил подсвечники и все ризы на местных иконах вызолотил с израсходованием 10000 рублей». Купец первой гильдии Полетаев в свою очередь выделил средства на создание в теплом храме серебряного, украшенного камнями престола, а также на покупку серебряной хоругви и серебряных венцов для икон церкви. Храм Похвалы Пресвятой Богородицы вновь открылся для богослужений в 1992 г. Престол и антиминс освящены Архиепископом Платоном. 10 августа 2003 г., спустя 74 г. после закрытия, в день памяти Смоленской иконы Божией Матери, была совершена Божественная литургия и в храме св. вмч. Димитрия Солунского. После службы состоялся крестный ход вокруг храмов с чудотворной Смоленской-Шуйской иконой Божией Матери, чудом сохранившейся и вернувшейся недавно в свой родной приход. В 2004 году приведён в порядок и полностью отремонтирован придел 9 Кизических мучеников, в котором в 90-х г.г. находились теплоузел и склад. И 12 августа 2004 г. этот придел получил новое имя, святого страстотерпца Цесаревича Алексия. Престол придела освящал архиепископ Ярославский и Ростовский Кирилл.
