Спасо-Пробоинская церковь была сооружена в память избавления города от мора, она хранила до разорения особо почитаемый ярославцами образ Спаса Нерукотворенного. Церковь была основана в 1612 году на месте обретения чудотворной иконы Нерукотворного Спаса. Тогда в Ярославль прибыло народное ополчение во главе с Дмитрием Пожарским и Козьмой Мининым. От большого скопления войск в городе началась моровая язва. Для избавления от мора решено было молиться чудотворной Толгской иконе Божией Матери, а в Крестный ход была взята икона Спаса Нерукотворного. Известно, что в 1654 году во время эпидемии чумы после крестных хождений с иконой болезнь пошла на убыль. В 1696 году горожане решили воздвигнуть вместо деревянного храма каменный. В 1705 году строительство каменной Спасо-Пробоинской церкви было завершено. Церковь Спаса Нерукотворного, двухэтажная с трапезной, с высокой папертью, с южной стороны кельи, оформленные в стиле позднего классицизма, и две надвратные башни с четырехгранными куполами, построенные в конце XVIII века. Первоначально она была одноглавая, с шатровой колокольней. В 1779 году возведены ещё четыре малые главы. Имела четыре придела, центральный, образа Спаса Нерукотворного, в алтарной части придел апостола Андрея Первозванного, теплый придел в трапезной Павла Фивейского и Иоанна Кущника, с южной стороны трапезы Серафима Саровского и Александра Ошевенского. В 1831 году колокольня перестроена, до нынешнего времени не сохранилась. В 1831-1833 годы трапезная превращена в тёплую церковь, а в начаче XX века с южной стороны храма пристроена двухэтажная паперть с крыльцом. В 1913 году церковь посетил император Николай II. Она была закрыта в 1929 году, главы и колокольня сломаны, занята мастерскими, в 1990-х годах мебельной фабрикой. С 2007 года храм находится в ведении Ярославской епархии. Список чудотворной иконы 1757 года хранится в собрании Ярославского художественного музея. До начала восстановительных работ были полностью утрачены верхние ярусы колокольни, с третьего по пятый. На двух нижних сохранившихся ярусах колокольни были повреждены лицевые ряды кирпичной кладки, частично утрачен штукатурный слой и архитектурные детали фасадов, поздние конструкции перекрытия и крыши. В ходе работ в 2017-2019 годов была отреставрирована колокольня, воссозданы утраченные верхние ярусы, по двум нижним ярусам проведены реставрационные работы. Колокольня воссоздана.
