Церковь находится на Богоявленской площади, напротив Спасо-Преображенского монастыря. Пятиглавый каменный храм построен в 1684-93 годах на месте древней деревянной церкви, упоминавшейся еще в XIII веке, купцом Алексеем Абрамовичем Зубчаниновым. Церковь бесстолпная, пятиглавая, без подклета, с трех сторон окружена галереями, обращенными в приделы. С северной её стороны находился придел в воспоминание Страшного Суда, с южной, теплый придел во имя Димитрия Прилуцкого. После пожара 1753 года старые деревянные главы, венчающие тонкие изящные барабаны, были заменены новыми, причудливой барочной формы. В 1950-е годы главы церкви и ее изразцовый декор были реставрированы по проекту В.Н. Захаровой. Точная дата создания росписи храма неизвестна. Надпись в алтаре около горнего места сообщает лишь дату освящения храма митрополитом Ростовским Иоасафом 2 июля 1693 года. По-видимому, в 1693 году роспись была завершена, а начата в 1692 году. Авторство богоявленской росписи не установлено. Стилистическая неоднородность композиционно-образного и цветового строя росписи указывает на участие в ее выполнении представителей двух разных художественных артелей. Живопись сводов исполнена с большим монументальным размахом, в интенсивной и звучной цветовой гамме и, по всей вероятности, принадлежит артели Дмитрия Григорьева Плеханова, выдающегося ярославского мастера, исполнявшего царские и митрополичьи заказы. По каким-то причинам эти мастера были отозваны, и, вероятно, работу на стенах завершили в более сдержанной манере ярославские художники средней руки. В 1800-е годы нижний ярус стенописей и подзор были поновлены в клеевой технике Семеном Степановым Завязошниковым. В 1860-е годы была поновлена живопись в алтаре, в 1950-е годы красочный слой во всем храме был укреплен и промыт В. Брюсовой и А. Рогозиным. Роспись состоит из 320 сюжетных клейм и сохранилась практически полностью. Схема росписи церкви Богоявления отличается от современных ей декоративных ансамблей Ярославля сдержанностью в выборе тематики. Она лишена апокрифических, ветхозаветных и литературных сюжетов и ограничена тремя основными циклами, евангельским, апостольским и литургическим. Ввиду отсутствия световых барабанов основную идейно-эмоциональную роль в живописном убранстве интерьера храма выполняет сомкнутый свод, паруса которого разделены интенсивными разгранками на четыре части. В каждый из образующих свод треугольников мастерски вписаны крупные по масштабу композиции евангельских праздников. В восточном секторе изображение Новозаветной Троицы с предстоящими Богоматерью и Иоанном Предтечей, Предвечный совет. Величественные фигуры Христа и Саваофа в царских коронах, сидящие на троне, образованном херувимами, окружены белой глорией, славой, которая зрительно заменяет изображение в куполе. Крест Голгофы в этой композиции служит осевым центром иконостаса. Пирамидальная схема построения повторяется и в росписи трех остальных сводов, посвященным центральным евангельским событиям, Воскресению, Вознесению и Успению. Композиционным центром этих сцен служит фигура Христа, окруженная золотистой глорией. В Воскресении она повторяется дважды, в сценах Живоносного восстания из гроба и Сошествия во ад. Последняя привлекает внимание своим подчеркнуто оптимистическим звучанием и смелым цветовым решением. Христос стоит на вереях ада и подает руку восстающему из гроба Адаму. Архангел Михаил победным жестом ввергает в ад Сатану. На черном фоне преисподней четко выделяются цепи, гвозди, ключи и скобы, символизирующие рабство греха. Стены церкви разбиты на 9 ярусов, верхний из которых начинается в нижней части сводов, отчего перелом плоскостей при примыкании свода к стене зрительно не ощущается, и свод кажется выше. Шесть изобразительных ярусов, а на западной стене семь, сюжетные, их ширина от 1,2 до 2 м. Седьмой ярус северной и южной стен представляет собою пояс травного орнамента шириной 1,5 м, повторяющегося также на подоконниках. Далее следуют храмоздательская летопись и традиционный подзор из полотенец. Живопись стен включает в себя один из самых обширных в русской фреске, около 100 композиций, евангельский цикл, посвященный жизни и страданиям Иисуса Христа. Евангельскими сюжетами, начиная с, Проповеди Иоанна Крестителя и кончая, Тайной вечерей и Омовением ног, заняты шесть верхних ярусов. В седьмом ярусе расположены изображения Страстей Христовых. На оконные откосы вынесены сцены проповедей и мученических кончин святых апостолов, размещавшиеся в ярославских росписях, как правило, на столпах. Горизонтальные сюжетные фризы росписи заходят на оконные арки. Последние не лишены, однако, своих традиционных эмблематических украшений, Саваоф, ангел, Благое молчание, Вседержитель, Троица и ангелы с зерцалами на фоне клубящихся облаков, которые смещены здесь в самые верхние, замковые части арок. В арке западного портала изображен оглавный Деисус, в арке северного портала, Спас на убрусе. На откосах порталов ангелы, охраняющие вход. Иконографическая схема росписи просторного помещения алтаря включает следующие композиции. В центральной конхе, О тебе радуется, в конхе жертвенника, Се Агнец, в конхе диаконника, Иако за царя всех подымем, на стенах литургические сцены, на западной стене над входным порталом, София премудрость Божия, между порталами дважды повторено изображение Богоматери в образе Царицы Небесной в окружении ангелов, несущих свитки. В зените центрального портала, Евхаристия, по сторонам московские митрополиты. На западной стене жертвенника, Литургия Григория Богослова, в зените портала, Бог Саваоф, по сторонам епископы Казанские и Новгородские. На западной стороне диаконника сцена, Возношение Евангелия, Малый вход, в зените портала ангел, Благое молчание, по сторонам портала святые Спиридон Тримифунтский и Ростовские епископы. Нарядный резной золоченый шестиярусный иконостас в стиле украинского барокко относится к началу XVIII века. Основным мотивом его резного орнамента являются виноградные гроздья, очень близкие к формам живой природы. Центральная часть иконостаса во всех ярусах украшена фигурами ангелов, выполненными в грубоватой народной манере. Переделанный в начале XIX века нижний ярус иконостаса, насыпной. Его узор, напоминающий парчу, создан окрашенным песком, насыпанным на деревянную основу, покрытую слоем клея. Большинство икон для иконостаса, первоначально тяблового, были написаны в 1684-1691 годы Семеном Спиридоновым Холмогорцем и его братом Василием. В 1830, 1844 и 1858 годы храм подвергался переделкам, коснувшимся в основном глав и южного придела. В 1833 году церковь с трёх сторон была обнесена каменной оградой. В 1930 году церковь Богоявления закрыта и передана Госмузею. В 1999 году возвращена Русской Православной Церкви.
