Со стороны восточной части главной монастырской площади стоит массивная звонница. Высота звонницы достигает более 32 метров. Основная часть звонницы, нижняя, которая была выстроена во второй половине 16 века, в виде огромной мощной стены с парой приземистых арок звона, расположенных во втором ярусе и парой широко выставленных каменных шатров. Имеющиеся основания шатров сегодня нельзя увидеть во внутренней части звонницы, что на стыке старинного массивного объема и более современного объема. Нижний ярус звонницы располагал в своём пространстве храм, который сразу после возведения был освящен во имя Происхождения Древ Животворящего и Честного Креста Господня. В середине 1860 года храм был заново освящен, только во имя Печерской Богоматери. В нижней части звонницы, а точнее с южной ее стороны, в конце 17 века был выстроен придел, который освятили в честь Александра Свирского. Важно отметить, что облик звонницы кардинально меняется в первые десятилетия XIX века, ведь именно в этот временной промежуток она подверглась кардинальной и необратимой реконструкции. На протяжении 1808-1809 годов, шатры звонницы полностью разбираются, при этом проводятся строительные работы по надстройке нового яруса, который выглядел как трехпролетная аркада, перекрытая сводами. Стоит сказать, что подразумевающий надстройку проект был выполнен канцеляристом Архиерейского дома Мизеровым. В конце 1824 года, все строительные работы в рамках звонницы окончательно завершаются появляется выполненная в классическом стиле беседка-ротонда, оснащенная восьмью опорными столбами, а также большим круглым куполом, все эти изменения были введены согласно специально разработанному проекту архитектора Панькова П. Я. В указанное место было решено перенести и часы, до этого расположенные на Святых воротах. В интерьерном оформлении звонницы, под ее нижней частью, до сих пор сохранились некоторые фрагменты росписей, датирующиеся совершенно разными временными промежутками. К примеру, самые ранние из них относятся к концу 17 века и располагаются в приделе во имя Александра Свирского. Одной из характерных особенностей данного храма является то, что в нем, в некотором роде, сохранились фресковые иконостасы, в свое время очень распространенные среди ростовских храмов и довольно редко встречающиеся в Ярославле. По причине нерегулярного отопления имеющаяся стенопись на протяжении довольно непродолжительного периода времени приходила в негодность. Несколько раз предпринимались попытки ее поновления, затем еще счищали и снова переписывали. На протяжении 19 века живопись переписывалась четыре раза. В большей мере, верхние ярусы звонницы сильно пострадали в период белогвардейского восстания летом 1918 года. В 1920-е и в 1950-е годы, проводились масштабные реставрационные работы, по результатам которых звонница была снова открыта для местных жителей. Верхний ярус звонницы Спасо-Преображенского монастыря, прекрасное место, с которого можно увидеть наиболее важную историческую часть Ярославля. В конце 1991 года на нее снова были подняты колокола, которые уже долгое время находились в стороне от колокольни. Первоначальные колокола так и не сохранились до современного времени, по причине чего при их подборе было принято решение обратиться к фондам заповедного музея. На сегодняшний момент на ярусе звона расположено восемнадцать колоколов, датирующихся 16, началом 20 веками, Петербургского, Ярославского, Голландского и Псковского литья. Самый внушительный колокол весит примерно 115 пудов. Сегодня звонница действует в рамках своего прямого назначения, ведь регулярно звучащий звон колоколов вернул ей статус первой звонницы в Ярославле.
Церковь под звонницей Спасо-Преображенского монастыря изначально была освящена во имя Происхождения Честных древ Животворящего Креста Господня. В 1680-х годах, при архимандрите Алимпии, церковь была украшена стенописью. В XIX веке она дважды поновлялась. Отдельные фрагменты живописи XIX века сохранились на восточной стене, отделяющей высокое и светлое помещение главного храма от низкого и полутемного алтаря. Здесь написан на стене иконостас, включающий местный, праздничный, деисусный и пророческий ярусы. В местном ярусе помещены изображения Алексея Человека Божия, Богоматери Тихвинской, Распятия и Происхождения Честных древ. Подобные рисованные иконостасы обычные для ростовских церквей времен Ионы Сысоевича, являются большой редкостью в стенописях Ярославля. Такие же иконостасы, написанные на стене, имелись в ярославской церкви Петра Митрополита и Владимирской Богоматери на Убогих Домах. На стене южного придела написаны, Николай Чудотворец, Богоматерь Печерская, Вседержитель на троне и Ярославские князья Федор, Давид и Константин, во втором ярусе Праздники, вверху в овальных медальонах погрудные изображения апостолов со свитками в руках. В самом верху в люнетах Похвала Богоматери, Царица небесная и Знамение. В 1824 году по распоряжению архиепископа Авраамия в церковь Происхождения Честных древ был устроен бронзовый иконостас. В 1860 году живопись церкви была основательно переписана. Эта реставрация проводилась по распоряжению архиепископа Нила, задумавшего сделать храм своей усыпальницей. Стены храма, за исключением алтарной преграды, были заново оштукатурены и расписаны в академической манере художником Егором Константиновичем Дьяконовым. На своде написаны Новозаветная Троица и 7 ангелов с орудиями страстей, на стенах в трафаретных рамах, имитирующих колонные портики и лепнину, Преображение, Преподобный Нил, Преподобный Сильвестр и Ярославские чудотворцы. После завершения реставрационных работ, 30 октября 1860 года церковь Происхождения Честных древ была заново освящена архиепископом Нилом во имя Богоматери Печерской. В 1970-е годы Печерская церковь была отреставрирована бригадой Ярославской реставрационной мастерской под руководством В.И. Васина.
