Еще до строительства каменного Богоявленского Собора, в монастыре уже существовал другой деревянный храм с трапезной во имя святого Николая Мирликийского чудотворца. Из монастырской описи, составленной в 1629-1630 годах, говорится, что кроме Богоявленского, в монастыре был другой храм с трапезою Николы Чудотворца, да келья архимандричья, да десять келий братских, а в них живут двадцать семь братов черноризцев, да четыре кельи пустых, да хлебня, да поварня, да ледник, да три житницы, да изба воротняя и ограда деревянная.
Сегодня дорога, ведущая к монастырю, прямо упирается в надвратную Никольскую церковь с двумя фланкирующими башнями по сторонам. Башни сохранились от первоначальной постройки 1691 года. Каменная же церковь построенная вкладом ростовских помещиков, государевых стольников Мещериновых в 1685 году и сильно пострадавшая от пожаров 1730 и 1826 годов, была перестроена под руководством архитектора П.Я. Панькова в период с 1826 по 1837 годы. В это же время возведена и колокольня в стиле классицизма, а на западном фасаде сооружен классический портик.
