Спасо-Преображенский храм, это собор Спасо-Песоцкой обители, в 1765 году присоединенной к Яковлевскому монастырю. Это один из древнейших и красивейших храмов Ростова.
Спасо-Песоцкий монастырь был основан в середине XIII века княгиней Марией. В марте 1238 года он участвовал в битве на реке Сить, где русские войска потерпели поражение от татар. Князь был пленен и за отказ воевать на стороне врагов, мученически убит. Молодая вдова, оставшись с двумя малолетними сыновьями, взяла управление княжества в свои руки и правила им до совершеннолетия детей.
В память о муже на окраине Ростова княгиня Мария построила Преображенский храм и основала здесь монастырь. С ее именем связывают продолжение традиции местного летописания, она считается автором летописных текстов о князьях-мучениках Василько Ростовском и Михаиле Черниговском.
Смерть любимого супруга оказалась не единственным испытанием для княгини Марии. В 1246 году были замучены в Орде, её воспитатель, боярин Федор и отец, князь Михаил Черниговский, впоследствии причисленные Русской Церковью к лику святых. Канонизирован и благоверный князь Василько, наряду со своим двоюродным братом, князем Александром Невским и племянником, князем Романом Угличским. В лике святых Церковь чтит младшего сына князя Василько и княгини Марии, Белозерского князя Глеба, основателя знаменитой Спасо-Каменной обители на Кубенском озере, и ее родную сестру, преподобную Евфросинию Суздальскую. Существующее здание собора построено в XVII веке, на месте прежнего деревянного. Известно, что здесь погребена основательница этого монастыря княгиня Мария, ее сын князь Глеб Белозерский. Здесь же похоронен настоятель Спасо-Яковлевского монастыря епископ Амфилохий, известный ученый своего времени, коллекционер и исследователь древних рукописей.
В конце 70-х годов XIX века в подклете Спасского храма была основана церковь преподобного Сергия Радонежского. Идея ее устроения принадлежала яковлевскому архимандриту Илариону. Средства на новый монастырский храм, наряду с настоятелем, пожертвовал ростовский крестьянин Иван Алексеевич Рулев. 4 октября 1887 года, в день памяти преподобного Сергия, Сергиевский храм был освящен ярославским архиепископом Ионафаном. Так в Спасo-Яковлевском монастыре появился церковный престол, освящённый в честь самого почитаемого святого Древней Руси. Амфилохий известен как исследователь в области славянской и греческой археографии и палеографии, оставил очень много работ по филологии и истории. Учёный-архиерей состоял членом почти всех столичных и провинциальных исторических и археологических обществ, был почетным членом Санкт-Петербургской и Московской духовных академий, действительным членом Московского Археологического общества, член-корреспондентом Санкт-Петербургской академии наук. Именно при епископе Амфилохии и по его настоянию Спасский храм Спасо-Яковлевского монастыря был расписан. Главными сюжетами стенописей стали сцены из Апокалипсиса.
В советское время, когда Спасо-Яковлевский монастырь был упразднен, Спасская церковь оказалась в запустении. Возможно, как и другие храмы монастыря, она использовалась под склад или служила местом размещения хозяйственных служб.
Возобновление Спасского храма началось после возрождения монастыря. Самые значительные реставрационные работы пришлись на 2008-2009 годы. Благодаря этому к 2009 году, в котором отмечалось 300-летие кончины святителя Димитрия Ростовского, Спасская церковь совершенно преобразилась.
К церковному зданию подведено отопление, в нижнем, в верхнем этажах устроены теплые полы. Сделана современная электропроводка. И снаружи, и изнутри по всему зданию восполнены утраты в кладке, а все выявленные трещины залиты известковым раствором. Восстановлены железные стяжки, способствующие укреплению здания. Со стен удалена старая штукатурка и положена новая. Весь храм заново выбелен, а главы и кровли, выкрашены. В церкви заменены все оконные рамы, заложены пробитые окна и двери, устроен новый вход с западной стороны, для которого сооружено большое высокое каменное крыльцо.
Важно, что восстановлению подлежали и первый этаж, в котором со временем предполагается возобновить Сергиевский храм, и верхний, где был освящен престол в часть Всемилостивого Спаса.
Освящение Спасского храма состоялось 14 августа 2009 года, в день Происхождения Честных Древ Животворящего Креста Господня, его совершил архиепископ Ярославский и Ростовский Кирилл. После долгих лет запустения и забвения в Спасском храме была отправлена первая после возобновления Божественная литургия. В 2018 году, с 25 июля по 12 августа, в Спасском храме размещалась просветительская передвижная выставка, Жизнь, труды и эпоха митрополита Димитрия Ростовского. Все эти дни храм, который в обычное время почти всегда стоит закрытым, гостеприимно распахнул свои двери для свободного доступа посетителей. В нем побывало множество людей. Проводились экскурсии, во время которых рассказывалось об истории, архитектуре и росписях храма, о выдающихся исторических личностях, связанных с ним.