История Русской православной церкви на Филиппинах началась в XX столетии. В 1934 году на основании обращения русской диаспоры в Маниле, епископом Китайским и Пекинским Виктором (Святиным) был учреждён приход в честь Иверской иконы Божией Матери, действовавший до разрушения приходского храма попаданием снаряда в 1945 году.
В 1949 году в необитаемой части острова Тубабао нашли временное пристанище пять с половиной тысяч русских беженцев из Шанхая, спасавшихся от преследования со стороны китайских коммунистов. В апреле того же года на остров прибыл епископ Шанхайский Иоанн (Максимович), посвятивший своё трёхмесячное пребывание на Тубабао нуждам своей паствы. В первые же дни русскими на острове были обустроены две палаточные церкви на территории лагеря, и третья – за его пределами, в переданном филиппинскими властями здании бывшей американской военной церкви. Русская община просуществовала на Тубабао до конца 1951 года. В 2013 году на острове, на фундаменте утраченного храма в честь Пресвятой Богородицы, в котором служил святитель Иоанн Шанхайский, была возведена одноимённая часовня.
В марте 2014 года представители Независимой католической церкви Минданао, одной из многочисленных деноминаций, существующих в Независимой филиппинской церкви, обратились с письмом к патриарху Московскому и всея Руси Кириллу с просьбой принять их общины в лоно православия. Выбор в пользу именно Русской православной церкви был сделан после того, как Филиппины дважды посетил священник Кирилл Шкарбуль с гуманитарной помощью семьям, пострадавшим от тайфуна Йоланда в ноябре 2013 года. В ходе миссионерских поездок священников Георгия Максимова и Кирилла Шкарбуля на остров Минданао возникли новые приходы Русской православной церкви. Состоялось несколько массовых крещений филиппинцев в океанских водах. Самым значительным было крещение в Ладоле 21 августа 2015 года 239 человек, целой аглипаянской общины с двумя епископами и четырьмя священниками, принятыми в православие как миряне.
В настоящее время большая часть православных филиппинцев проживает на острове Минданао, их насчитывается около полутора тысяч.
10 февраля 2016 года в Отделе внешних церковных связей Московского патриархата состоялось первое заседание рабочей группы по вопросам организации, поддержки и координации миссионерской деятельности Русской православной церкви на Филиппинах.
28 декабря 2018 года приходы Московского Патриархата на Филиппинах включены в состав Патриаршего экзархата в Юго-Восточной Азии. 26 февраля 2019 года в рамках экзархата была создана Филиппинско-Вьетнамская епархия.
