Ульяновский Троице-Стефанов монастырь был основан святителем Стефаном Пермским, просветителем зырян, не позднее 1396 года. В то время на реке Вычегда был построен небольшой храм в честь Преображения Господня, новая пустынь была названа в честь Нерукотворного Образа Спасителя. В XVII веке Спасскую пустынь возглавил иеромонах Филарет, ставший новым её строителем.
Ввиду того что обитель была бедна при секуляризационной реформе в 1764 году она была закрыта. Храм обители обратили в приходской для Ульяновского погоста.
В 1860 году монастырь был возобновлен иноками Соловецкого монастыря архимандритом Матфеем и иеромонахами Паисием, Феофилактом и Амвросием. Вскоре был выстроен прекрасный каменный архитектурный ансамбль монастыря с колокольней высотой 64 метра, каменной оградой с 4 красивыми угловыми башнями. В 1878 г. вне монастырской стены было начато строительство четырехэтажной гостиницы для приезжих.
Кроме того, вне стены был построен трехэтажный домдля монастырских рабочих. В 1882 г. была открыта церковно-приходская школа для мальчиков, в 1907 г. — богадельня для больных. В 1871 г. в монастыре жили 36 монахов и послушников, в 1889 г. число их выросло до семидесяти человек. Для них были построены 2 братских корпуса.
Монастырь вскоре вошёл в десятку известнейших российских обителей. В начале XX века это был также один из крупнейших монастырей России. По количеству монашествующих Ульяновский монастырь уступал только вологодскому Горницко-Успенскому монастырю. По размерам угодий он занимал четвертое место в Вологодской епархии. После прихода к власти в Коми крае большевиков деятельность монастыря стала сворачиваться. На пленарном заседании исполнительного областного Комитета Коми АО 9 мая 1923 г. было принято решение о закрытии монастырских церквей. Решение основывалось на декрете СНК от 23 января 1918 г. об отделении церкви от государства. В июне 1923 г. комиссия приступила к работе, церкви были опечатаны. На куполе колокольни водрузили красное знамя. Комиссия постановила выселить монахов из монастыря, церковное имущество согласно составленной описи распределить между областными учреждениями Коми АО. Почти все насельники обители были репрессированы и расстреляны, двое — иеромонахи Платон и Мелетий — причислены к лику святых новомучеников Российских. Акт комиссии со стороны представителей монастыря подписали игумен Амвросий (Морозов), иеромонах Тихон (Лапшин), пономарь Вениамин (Митюшев). Вес имущества Ульяновского монастыря, отправленного в Усть-Сысольск, составил 2535 пудов. Обществу друзей Воздушного Флота были переданы почти все колокола (в том числе один весом в 1012 пудов) Усть-Куломские власти не понимали, к чему запечатывают церкви, которые необходимо подвергнуть уничтожению, поэтому они попросту уничтожали все без разбору, так погибло много ценных документов, между прочим, интересные описи.
В 30-е годы Троицкий собор и большая часть монастырской стены были разобраны. В 1930г. тут находились фельдшерский пункт, сельхозопытная станция, пароходная стоянка. Во время Великой Отечественной войны в Ульяново располагался госпиталь, затем – дом для душевнобольных. В 1960-х гг. был уничтожен первый этаж собора. То, что не успели разрушить, числилось под охраной государства. В 1969 г. комплекс монастырских зданий был взят под охрану государством как памятник церковного зодчества, но охраны как таковой не существовало. Монастырь разваливался на глазах. В конце 1980-х гг. монастырские здания планировалось использовать для организации пансиона сыктывкарского завода «Орбита».
В июне 1994 г. в Ульяново приехала группа монахов во главе с игуменом о. Питиримом, которая вновь открыла монастырское служение, в монастыре возобновилась монашеская жизнь, начался ремонт зданий, были возвращены святыни. В том же году в день Покрова Пресвятой Богородицы под развалинами Троицкого собора были обретены мощи соловецких отцов-строителей монастыря, которые местно почитаются как святые. В мае 1996 года обновленную обитель посетил патриарх Московский и всея Руси Алексий II. В настоящее время в восстановленном Троице-Стефановском Ульяновском монастыре живут несколько десятков монахов и послушников, занятых в основном реставрационными и строительными работами. В 1996 году при Ульяновском монастыре было открыто духовное училище для подготовки кадров священнослужителей.
Ценные предметы культа, вывезенные из Ульяновского монастыря в 20-е годы прошлого столетия и хранившиеся до сих пор в фондах Национального музея, были ему торжественно возвращены обратно. В числе уникальных вещей именной крест митрополита Филарета, посох архимандрита Матфея, а также фигура Иисуса Христа в темнице (сидящий Иисус) из дерева. Сейчас монастырь включает в себя 6 действующих храмов и одну часовню, где проживают двадцать четыре монаха, пять священников, два диакона и примерно 20 трудников.
